ในส่วนนี้จะจำแนกโรงเรียนในจังหวัดปราจีนบุรีตามสังกัดของโรงเรียน ได้แก่

• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) ตามประกาศของกระทรวงศึกษาธิการ จังหวัดปราจีนบุรีอยู่ในพื้นที่ของเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 7[1] และมีเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาจำนวน 2 เขต[2]
• องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น (อปท.)
• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน (สช.)
  
• โรงเรียนสังกัดอื่น ๆ เช่น โรงเรียนตำรวจตระเวนชายแดน โรงเรียนพระปริยัติธรรม และโรงเรียนกีฬาในสังกัดมหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติ เป็นต้น

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน

เขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาของจังหวัดปราจีนบุรีแบ่งดังนี้[2]

• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาปราจีนบุรีเขต 1 ประกอบด้วยอำเภอเมืองปราจีนบุรี อำเภอประจันตคาม อำเภอศรีมหาโพธิ อำเภอศรีมโหสถ และอำเภอบ้านสร้าง
• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาปราจีนบุรีเขต 2 ประกอบด้วยอำเภอกบินทร์บุรีและอำเภอนาดี

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 7

จังหวัดปราจีนบุรีอยู่ในเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 7 ร่วมกับจังหวัดนครนายก และจังหวัดสระแก้ว[1] โดยมีโรงเรียนในสังกัดจำนวน 19 โรงเรียนซึ่งจัดอยู่ใน 3 สหวิทยาเขต[3]ได้แก่

• สหวิทยาเขตทวารวดี รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอเมืองปราจีนบุรี (เฉพาะโรงเรียนปราจิณราษฎรอำรุง), อำเภอบ้านสร้างและอำเภอประจันตคาม
• สหวิทยาเขตศรีบูรพา รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอเมืองปราจีนบุรี (ยกเว้นโรงเรียนปราจิณราษฎรอำรุง), อำเภอศรีมหาโพธิและอำเภอศรีมโหสถ
• สหวิทยาเขตนฤบดินทรจินดา รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอกบินทร์บุรีและอำเภอนาดี

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาปราจีนบุรี เขต 1

สพป.ปราจีนบุรี เขต 1 มีพื้นที่ครอบคลุม 5 อำเภอทางตอนกลางและตะวันตกของจังหวัด ได้แก่อำเภอเมืองปราจีนบุรี อำเภอประจันตคาม เภอศรีมหาโพธิ อำเภอศรีมโหสถ และอำเภอบ้านสร้าง

• โรงเรียนวัดคลองเฆ่

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาปราจีนบุรี เขต 2

สพป.ปราจีนบุรี เขต 2 มีพื้นที่ครอบคลุม 2 อำเภอทางตะวันออกของจังหวัด ได้แก่อำเภอกบินทร์บุรีและอำเภอนาดี

สำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ

จังหวัดปราจีนบุรีมีโรงเรียนสังกัดสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ 1 โรงเรียนได้แก่โรงเรียนโสตศึกษาจังหวัดปราจีนบุรี ตั้งอยู่ที่ตำบลเนินหอม อำเภอเมืองปราจีนบุรี

องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น

จังหวัดปราจีนบุรีมีโรงเรียนสังกัดองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น 15 โรงเรียน องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นที่มีโรงเรียนในความรับผิดชอบได้แก่องค์การบริหารส่วนจังหวัดปราจีนบุรี (6 โรงเรียน) เทศบาลเมืองปราจีนบุรี (6 โรงเรียน) เทศบาลตำบลกบินทร์ (2 โรงเรียน) และเทศบาลตำบลนาดี (1 โรงเรียน)

สำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการศึกษาเอกชน

• โรงเรียนกองทัพบกอุปถัมภ์จักรพงษ์พิทยาลัย อำเภอเมืองปราจีนบุรี
• โรงเรียนดาราวัฒนาอินเตอร์ อำเภอศรีมหาโพธิ
• โรงเรียนมัธยมวัดใหม่กรงทอง ในพระราชูปถัมภ์ฯ อำเภอศรีมหาโพธิ
• โรงเรียนมารีวิทยากบินทร์บุรี อำเภอกบินทร์บุรี
• โรงเรียนมารีวิทยา อำเภอเมืองปราจีนบุรี
• โรงเรียนมารีวิทยาศรีมโหสถ อำเภอศรีมโหสถ
• โรงเรียนสุธีวราษฎร์รังสฤษดิ์ อำเภอเมืองปราจีนบุรี
• โรงเรียนรักษาทรัพย์พิทยากร กบินทร์บุรี อำเภอกบินทร์บุรี
• โรงเรียนรักษาทรัพย์พิทยากร นาดี อำเภอนาดี
• โรงเรียนหทัยชาติ อำเภอเมืองปราจีนบุรี
• โรงเรียนพณิชยการปราจีนบุรี อำเภอเมืองปราจีนบุรี
• โรงเรียนเทวรักษ์ อำเภอศรีมโหสถ
• โรงเรียนสายมิตรศึกษา อำเภอกบินทร์บุรี
• วิทยาลัยสายมิตรเทคโนโลยี อำเภอกบินทร์บุรี
• โรงเรียนสายมิตรวังท่าช้าง อำเภอกบินทร์บุรี
• โรงเรียนกบินทร์จริยาคม อำเภอกบินทร์บุรี
• โรงเรียนเจียหมิน อำเภอกบินทร์บุรี
• โรงเรียนนานาชาติอริสตา อำเภอเมืองปราจีนบุรี