ในส่วนนี้จะจำแนกโรงเรียนในจังหวัดลำพูนตามสังกัดของโรงเรียน ได้แก่

• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) ตามประกาศของกระทรวงศึกษาธิการ จังหวัดลำพูนอยู่ในพื้นที่ของเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 35[1] และมีเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาจำนวน 2 เขต[2]
• องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น (อปท.)
• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน (สช.)
  
• โรงเรียนสังกัดอื่น ๆ เช่น โรงเรียนตำรวจตระเวนชายแดน โรงเรียนพระปริยัติธรรม และโรงเรียนกีฬาในสังกัดมหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติ เป็นต้น

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน

เขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาของจังหวัดลำพูนแบ่งดังนี้[2]

• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาลำพูน เขต 1 ประกอบด้วยอำเภอเมืองลำพูน อำเภอแม่ทา อำเภอบ้านธิ และอำเภอป่าซาง
• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาลำพูน เขต 2 ประกอบด้วยอำเภอบ้านโฮ่ง อำเภอลี้ อำเภอทุ่งหัวช้าง และอำเภอเวียงหนองล่อง

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา เขต 35

จังหวัดลำพูนอยู่ในเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา เขต 35 ร่วมกับจังหวัดลำปาง[1] และมีโรงเรียนในสังกัดจำนวน 15 โรงเรียน โดยแบ่งเป็น 3 สหวิทยาเขต[3]ได้แก่

• สหวิทยาเขตหริภุญชัย รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอเมืองลำพูน (โรงเรียนจักรคำคณาทร จังหวัดลำพูนและโรงเรียนอุโมงค์วิทยาคม) อำเภอแม่ทา และอำเภอบ้านธิ
• สหวิทยาเขตจามเทวี รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอเมืองลำพูน (โรงเรียนส่วนบุญโญปถัมภ์ ลำพูนและโรงเรียนบ้านแป้นพิทยาคม) และอำเภอป่าซาง
• สหวิทยาเขตศรีวิชัย รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอบ้านโฮ่ง อำเภอลี้ และอำเภอทุ่งหัวช้าง

โดยอำเภอเวียงหนองล่อง ไม่มีโรงเรียนในสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา เขต 35