ในส่วนนี้จะจำแนกโรงเรียนในจังหวัดสตูลตามสังกัดของโรงเรียน ได้แก่

• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) ตามประกาศของกระทรวงศึกษาธิการ จังหวัดสตูลอยู่ในพื้นที่ของเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 16[1] และมีเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาจำนวน 1 เขต[2]
• องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น (อปท.)
• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน (สช.)
  
• โรงเรียนสังกัดอื่น ๆ เช่น โรงเรียนตำรวจตระเวนชายแดน โรงเรียนพระปริยัติธรรม และโรงเรียนกีฬาในสังกัดมหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติ เป็นต้น

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 16

จังหวัดสตูลอยู่ในเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 16 ร่วมกับจังหวัดสงขลา[1] โดยมีโรงเรียนในสังกัดจำนวน 12 โรงเรียน โดยทั้งหมดอยู่ในความรับผิดชอบของสหวิทยาเขตอันดามัน[3]

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสตูล

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสตูลมีพื้นที่ครอบคลุมทั้งจังหวัดสตูล[2] และมีโรงเรียนในสังกัดจำนวน 159 โรงเรียนในพื้นที่ 7 อำเภอ

สำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ

จังหวัดสตูลมีโรงเรียนสังกัดสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ 1 โรงเรียนได้แก่โรงเรียนราชประชานุเคราะห์ 42 ตั้งอยู่ที่ตำบลเกตรี อำเภอเมืองสตูล

องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น

จังหวัดสตูลมีโรงเรียนสังกัดองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น 8 โรงเรียน องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นที่มีโรงเรียนในความรับผิดชอบได้แก่องค์การบริหารส่วนจังหวัดสตูล (1 โรงเรียน) เทศบาลเมืองสตูล (5 โรงเรียน) เทศบาลตำบลคลองขุด (1 โรงเรียน) และองค์การบริหารตำบลทุ่งบุหลัง (1 โรงเรียน)

โรงเรียนเอกชน

• โรงเรียนแสงประทีปวิทยามูลนิธิ ตำบลฉลุง อำเภอเมืองสตูล
• โรงเรียนมำบาอูลอูลูม ตำบลเจ๊ะบิลัง อำเภอเมืองสตูล
• โรงเรียนอรุณศาสน์วิทยมูลนิธิ ตำบลทุ่งนุ้ย อำเภอควนกาหลง จังหวัดสตูล
• โรงเรียนสามัคคีอิสลามวิทยมูลนิธิ ตำบลทุ่งนุ้ย อำเภอควนกาหลง จังหวัดสตูล
• โรงเรียนดารุลอูลูม ตำบลควนโดน อำเภอควนโดน จังหวัดสตูล
• โรงเรียนสันติศาสตร์ ตำบลฉลุง อำเภอเมืองสตูล จังหวัดสตูล