ในส่วนนี้จะจำแนกโรงเรียนในจังหวัดอุบลราชธานีตามสังกัดของโรงเรียน ได้แก่

• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) ตามประกาศของกระทรวงศึกษาธิการ จังหวัดอุบลราชธานีอยู่ในพื้นที่ของเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 29[1] และมีเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาจำนวน 5 เขต[2]
• องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น (อปท.)
• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน (สช.)
  
• โรงเรียนสาธิตของมหาวิทยาลัย ซึ่งอยู่ในสังกัดของมหาวิทยาลัยนั้น ๆ
  
• โรงเรียนสังกัดอื่น ๆ เช่น โรงเรียนตำรวจตระเวนชายแดน โรงเรียนพระปริยัติธรรม และโรงเรียนกีฬาในสังกัดมหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติ เป็นต้น

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน

เขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาในจังหวัดอุบลราชธานีแบ่งดังนี้

• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาอุบลราชธานี เขต 1 (สพป.อุบลราชธานี เขต 1) ประกอบด้วยอำเภอเมืองอุบลราชธานี อำเภอเขื่องใน อำเภอม่วงสามสิบ อำเภอดอนมดแดง และอำเภอเหล่าเสือโก้ก
• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาอุบลราชธานี เขต 2 (สพป.อุบลราชธานี เขต 2) ประกอบด้วยอำเภอตระการพืชผล อำเภอเขมราฐ อำเภอโพธิ์ไทร อำเภอกุดข้าวปุ้น และอำเภอนาตาล
• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาอุบลราชธานี เขต 3 (สพป.อุบลราชธานี เขต 3) ประกอบด้วยอำเภอพิบูลมังสาหาร อำเภอศรีเมืองใหม่ อำเภอสิรินธร อำเภอโขงเจียม และอำเภอตาลสุม
• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาอุบลราชธานี เขต 4 (สพป.อุบลราชธานี เขต 4) ประกอบด้วยอำเภอวารินชำราบ อำเภอสำโรง อำเภอสว่างวีระวงศ์ และอำเภอนาเยีย
• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาอุบลราชธานี เขต 5 (สพป.อุบลราชธานี เขต 5) ประกอบด้วยอำเภอเดชอุดม อำเภอบุณฑริก อำเภอน้ำยืน อำเภอนาจะหลวย อำเภอทุ่งศรีอุดมและอำเภอน้ำขุ่น

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 29

จังหวัดอุบลราชธานีอยู่ในเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 29 ร่วมกับจังหวัดอำนาจเจริญ และมีโรงเรียนในสังกัดจำนวน 60 โรงเรียน โดยแบ่งเป็น 9 สหวิทยาเขตได้แก่

• สหวิทยาเขตเมือง 1 รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอเมืองอุบลราชธานี (3 โรงเรียน) และอำเภอม่วงสามสิบ
• สหวิทยาเขตเมือง 2 รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอเมืองอุบลราชธานี (5 โรงเรียน) อำเภอเหล่าเสือโก้ก และอำเภอดอนมดแดง
• สหวิทยาเขตเขื่องใน รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอเขื่องใน
• สหวิทยาเขตตระการพืชผล รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอตระการพืชผล และอำเภอกุดข้าวปุ้น (ยกเว้นโรงเรียนโนนสวางประชาสรรค์)
• สหวิทยาเขตเขมราฐ รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอเขมราฐ อำเภอนาตาล อำเภอโพธิ์ไทร และอำเภอกุดข้าวปุ้น (เฉพาะโรงเรียนโนนสวางประชาสรรค์)
• สหวิทยาเขตศรีเมืองใหม่ รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอศรีเมืองใหม่ อำเภอโขงเจียม อำเภอตาลสุม และอำเภอสิรินธร
• สหวิทยาเขตวาริน รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอวารินชำราบ อำเภอสว่างวีระวงศ์ และอำเภอสำโรง
• สหวิทยาเขตเดชอุดม รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอเดชอุดม อำเภอทุ่งศรีอุดม และอำเภอนาเยีย
• สหวิทยาเขตบุณฑริก รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอบุณฑริก อำเภอน้ำยืน อำเภอนาจะหลวย และอำเภอพิบูลมังสาหาร

โดยอำเภอน้ำขุ่น ไม่มีโรงเรียนในสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา เขต 29

โรงเรียนประถม สพฐ.

• โรงเรียนอนุบาลอุบลราชธานี อำเภอเมืองอุบลราชธานี
• โรงเรียนมูลนิธิวัดศรีอุบลรตนาราม อำเภอเมืองอุบลราชธานี
• โรงเรียนอุบลวิทยาคม อำเภอเมืองอุบลราชธานี
• โรงเรียนเมืองอุบล อำเภอเมืองอุบลราชธานี
• โรงเรียนปทุมวิทยากร อำเภอเมืองอุบลราชธานี
• โรงเรียนบ้านปลาดุก อำเภอเมืองอุบลราชธานี
• โรงเรียนบ้านยางลุ่ม อำเภอเมืองอุบลราชธานี
• โรงเรียนบ้านแต้ใหม่ อำเภอเหล่าเสือโก้ก
• โรงเรียนบ้านคำไฮใหญ่ อำเภอดอนมดแดง
• โรงเรียนบ้านหนองหิน อำเภอดอนมดแดง
• โรงเรียนบ้านหนองแล้ง อำเภอดอนมดแดง
• โรงเรียนบ้านท่าเมือง อำเภอดอนมดแดง
• โรงเรียนบ้านยางกะเดา อำเภอดอนมดแดง
• โรงเรียนบ้านสว่าง อำเภอดอนมดแดง
• โรงเรียนบ้านโอด อำเภอดอนมดแดง
• โรงเรียนบ้านแคน อำเภอดอนมดแดง
• โรงเรียนบ้านวังพระวังไฮ อำเภอดอนมดแดง
• โรงเรียนดอนมดแดง (บ้านดงบัง)อำเภอดอนมดแดง
• โรงเรียนบ้านยาง อำเภอดอนมดแดง
• โรงเรียนบ้านกุดกั่ว อำเภอดอนมดแดง
• โรงเรียนบ้านท่าลาด อำเภอดอนมดแดง
• โรงเรียนบ้านกระบูน อำเภอดอนมดแดง
• โรงเรียนบ้านค้อ อำเภอดอนมดแดง
• โรงเรียนบ้านท่าศิลา อำเภอดอนมดแดง
• โรงเรียนบ้านเหล่าแดง อำเภอดอนมดแดง
• โรงเรียนบ้านบัวงาม อำเภอเดชอุดม
• โรงเรียนบ้านหนองสนม อำเภอเดชอุดม
• โรงเรียนบ้านนาเลิง อำเภอเดชอุดม
• โรงเรียนบ้านหนองแวงโนนแฝก อำเภอเดชอุดม
• โรงเรียนบ้านราษฎร์สามัคคี อำเภอเดชอุดม
• โรงเรียนบ้านบบัวทอง อำเภอเดชอุดม
• โรงเรียนบ้านบ้านคำครั่ง อำเภอเดชอุดม
• โรงเรียนบ้านกลาง อำเภอเดชอุดม
• โรงเรียนโนนสว่าง อำเภอนาจะหลวย
• โรงเรียนบ้านหนองสะโน อำเภอบุณฑริก
• โรงเรียนชุมชนบ้านนาโพธิ์ อำเภอบุณฑริก
• โรงเรียนบ้านจงเจริญ อำเภอบุณฑริก
• โรงเรียนบ้านบก อำเภอบุณฑริก
• โรงเรียนบ้านเปือย อำเภอสำโรง
• โรงเรียนบ้านเกษม อำเภอตระการพืชผล
• โรงเรียนดำรงสินอุทิศ อำเภอเดชอุดม
• โรงเรียนบ้านขี้หนองแสง อำเภอเดชอุดม
• โรงเรียนม่วงสามสิบ(อำนวยปัญญา) อำเภอม่วงสามสิบ

สำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ

• โรงเรียนราชประชานุเคราะห์ 32

องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น

จังหวัดอุบลราชธานีมีโรงเรียนสังกัดองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น 39 โรงเรียนองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นที่มีโรงเรียนในความรับผิดชอบได้แก่องค์การบริหารส่วนจังหวัดอุบลราชธานี (12 โรงเรียน) เทศบาลนครอุบลราชธานี (5 โรงเรียน) เทศบาลเมือง 3 แห่งได้แก่เทศบาลเมืองเดชอุดม (1 โรงเรียน) เทศบาลเมืองพิบูลมังสาหาร (2 โรงเรียน) และเทศบาลเมืองวารินชำราบ (3 โรงเรียน) เทศบาลตำบล 10 แห่ง และองค์การบริหารส่วนตำบล 4 แห่ง

โรงเรียนสาธิตสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา

• โรงเรียนสาธิตมหาวิทยาลัยราชภัฏอุบลราชธานี อำเภอเมืองอุบลราชธานี