ในส่วนนี้จะจำแนกโรงเรียนในจังหวัดอ่างทองตามสังกัดของโรงเรียน ได้แก่

• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) ตามประกาศของกระทรวงศึกษาธิการ จังหวัดอ่างทองอยู่ในพื้นที่ของเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 5[1] และมีเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาจำนวน 1 เขต[2]
• องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น (อปท.)
• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน (สช.)
  
• โรงเรียนสังกัดอื่น ๆ เช่น โรงเรียนตำรวจตระเวนชายแดน โรงเรียนพระปริยัติธรรม และโรงเรียนกีฬาในสังกัดมหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติ เป็นต้น

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา เขต 5

จังหวัดอ่างทองอยู่ในเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา เขต 5 ร่วมกับจังหวัดลพบุรี จังหวัดสิงห์บุรี และจังหวัดชัยนาท และมีโรงเรียนในสังกัดจำนวน 14 โรงเรียน โดยแบ่งเป็น 2 สหวิทยาเขตได้แก่

• สหวิทยาเขตเจ้าพระยา รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอเมืองอ่างทอง (ยกเว้นโรงเรียนสตรีอ่างทอง) อำเภอวิเศษชัยชาญ (ยกเว้นโรงเรียนไผ่วงวิทยา) อำเภอป่าโมก และอำเภอไชโย
• สหวิทยาเขตขุนอินทประมูล รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอเมืองอ่างทอง (เฉพาะโรงเรียนสตรีอ่างทอง) อำเภอวิเศษชัยชาญ (เฉพาะโรงเรียนไผ่วงวิทยา) อำเภอโพธิ์ทอง อำเภอสามโก้ และอำเภอแสวงหา

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาอ่างทอง

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาอ่างทองมีพื้นที่ครอบคลุมทั้งจังหวัดอ่างทอง[2] และมีโรงเรียนในสังกัดจำนวน 145 โรงเรียน

องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น

จังหวัดอ่างทองมีโรงเรียนสังกัดองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น 14 โรงเรียน องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นที่มีโรงเรียนในความรับผิดชอบได้แก่เทศบาลเมืองอ่างทอง (4 โรงเรียน) เทศบาลตำบล 3 แห่ง และองค์การบริหารส่วนตำบล 2 แห่ง

สำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการศึกษาเอกชน

โรงเรียนกีฬาสังกัดมหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติ

โรงเรียนกีฬาจังหวัดอ่างทอง เป็นส่วนราชการในสังกัดมหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติ ตั้งอยู่ที่ตำบลไชยภูมิ อำเภอไชโย จัดการศึกษาในระดับมัธยมศึกษาควบคู่กับการฝึกซ้อมกีฬา