ในส่วนนี้จะจำแนกโรงเรียนในจังหวัดแม่ฮ่องสอนตามสังกัดของโรงเรียน ได้แก่

• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) ตามประกาศของกระทรวงศึกษาธิการ จังหวัดแม่ฮ่องสอนอยู่ในพื้นที่ของเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 34[1] และมีเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาจำนวน 2 เขต[2]
• องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น (อปท.)
• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน (สช.)
  
• โรงเรียนสังกัดอื่น ๆ เช่น โรงเรียนตำรวจตระเวนชายแดน โรงเรียนพระปริยัติธรรม และโรงเรียนกีฬาในสังกัดมหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติ เป็นต้น

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน

เขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาของจังหวัดแม่ฮ่องสอนแบ่งดังนี้

• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาแม่ฮ่องสอน เขต 1 ประกอบด้วยอำเภอเมืองแม่ฮ่องสอน อำเภอปางมะผ้า อำเภอปาย และอำเภอขุนยวม
• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาแม่ฮ่องสอน เขต 2 ประกอบด้วยอำเภอแม่ลาน้อย อำเภอแม่สะเรียง และอำเภอสบเมย

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 34

จังหวัดแม่ฮ่องสอนอยู่ในเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 34 ร่วมกับจังหวัดเชียงใหม่[1] และมีโรงเรียนในสังกัดจำนวน 8 โรงเรียน โดยจัดอยู่ใน 2 สหวิทยาเขตได้แก่

• สหวิทยาเขตกลุ่มดอยกองมู รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอเมืองแม่ฮ่องสอน อำเภอปาย อำเภอปางมะผ้า และอำเภอขุนยวม
• สหวิทยาเขตกลุ่มดอยช้าง รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอแม่สะเรียง อำเภอแม่ลาน้อย และอำเภอสบเมย

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาแม่ฮ่องสอน เขต 1

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาแม่ฮ่องสอนเขต 2

• โรงเรียนทองสวัสดิ์วิทยาคาร
• โรงเรียนบ้านจอมแจ้งมิตรภาพที่ 193

สำนักบริหารงานการศีกษาพิเศษ

จังหวัดแม่ฮ่องสอนมีโรงเรียนสังกัดสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ 3 โรงเรียนได้แก่

องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น

จังหวัดแม่ฮ่องสอนมีโรงเรียนสังกัดองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น 11 โรงเรียน องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นที่มีโรงเรียนในความรับผิดชอบได้แก่องค์การบริหารส่วนจังหวัดแม่ฮ่องสอน (1 โรงเรียน) เทศบาลเมืองแม่ฮ่องสอน (3 โรงเรียน) เทศบาลตำบล 4 แห่ง และองค์การบริหารส่วนตำบล 1 แห่ง