บางส่วนของรายพระนามผิดแปลกไปจากที่ควรจะเป็น มีสาเหตุดังต่อไปนี้

• พระสันตะปาปาเฟลิกซ์ที่ 2 (ค.ศ. 356 – 357) พระสันตะปาปาบอนิเฟซที่ 12 (ค.ศ. 974 และ ค.ศ. 984 – 985) พระสันตะปาปายอห์นที่ 16 (ค.ศ. 997 – 998) พระสันตะปาปาเบเนดิกต์ที่ 10 (ค.ศ. 1058 – 1059) และพระสันตะปาปาอเล็กซานเดอร์ที่ 5 (ค.ศ. 1409 – 1410) ไม่ถูกรวมในรายพระนามเนื่องจากทั้งหมดถือเป็นผู้อ้างตนเป็นพระสันตะปาปา[20]
• การลำดับพระนาม "เฟลิกซ์" ถูกแก้ไขและละเว้นพระนาม "เฟลิกซ์ที่ 2" ซึ่งอ้างตนเป็นพระสันตะปาปา อย่างไรก็ตาม รายพระนามส่วนมากยังคงเรียกขานพระนาม "เฟลิกซ์" สองพระองค์ล่าสุดว่า "เฟลิกซ์ที่ 3" และ "เฟลิกซ์ที่ 4" เช่นเดิม นอกจากนี้ยังมีพระนาม "เฟลิกซ์ที่ 5" จากการอ้างตนเป็นพระสันตะปาปาอีกด้วย[20]
• ไม่เคยปรากฏพระนาม "ยอห์นที่ 20" เนื่องจากเกิดความสับสนในการลำดับพระนามในช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 11[21]
• ว่าที่สมเด็จพระสันตะปาปาสตีเฟนที่ 2 (Pope-elect Stephen) ซึ่งสิ้นพระชนน์ก่อนรับศีลอนุกรมเป็นมุขนายก ถูกถอดออกจากรายพระนามฉบับทางการของวาติกันมาตั้งแต่ปี ค.ศ. 1961 [21] ดังนั้นพระสันตะปาปา "สตีเฟน" พระองค์ถัด ๆ มาจึงลำดับเป็น "สตีเฟนที่ 2" ถึง "สตีเฟนที่ 9" (ค.ศ. 752 – 757) แทนในปัจจุบัน
• เมื่อซีมง เดอ บรียง เข้ารับตำแหน่งเป็นพระสันตะปาปาในปี ค.ศ. 1281 ทรงเลือกใช้พระนาม "มาร์ติน" ซึ่งในขณะนั้นสมเด็จพระสันตะปาปามารินุสที่ 1 และสมเด็จพระสันตะปาปามารินุสที่ 2 ถูกเข้าใจผิดเป็น "มาร์ตินที่ 2" และ "มาร์ตินที่ 3" ตามลำดับ ดังนั้นซีมง เดอ บรียง จึงถูกลำดับพระนามเป็น "มาร์ตินที่ 4" อย่างผิด ๆ นับแต่นั้นมา[22]
• หลายคนเชื่อว่าสมเด็จพระสันตะปาปาโดนุสที่ 2 ดำรงสมณสมัยในปี ค.ศ. 974 แต่ไม่ปรากฏพระสันตะปาปาพระองค์ดังกล่าวในความเป็นจริง ทั้งนี้เกิดจากความสับสนตำแหน่ง "ดอมินุส" (เจ้า) เป็นพระนามพระสันตะปาปา
• พระสันตะปาปาหญิงโจนไม่เคยปรากฏอยู่จริง อย่างไรก็ตาม ตำนานของพระนางอาจมีที่มาจากเรื่องราวเกี่ยวกับยุคมืดของพระสันตะปาปา (ละติน: Saeculum obscurum)[23]
• สถานะพระนาม "ยอห์นที่ 23" ไม่แน่นอนมาเป็นเวลาหลายร้อยปี จนได้ข้อยุติในปี ค.ศ. 1958 เมื่ออันเจโล จูเซปเป รอนกัลลี ประกาศเป็นสมเด็จพระสันตะปาปายอห์นที่ 23 ทั้งนี้ผู้อ้างตนเป็นพระสันตะปาปายอห์นที่ 23 ในอดีตมีนามว่าบัลดัสซาเร คอสซา เป็นพระคาร์ดินัลในคริสจักรก่อนมรณภาพในปี ค.ศ. 1419 ซึ่งศพถูกฝังไว้ที่หอศีลจุ่มซันโจวันนี
• กลุ่มผู้ยึดถือลัทธิเซเดวากันเต (Sedevacantism) อ้างว่าตำแหน่งพระสันตะปาปาโดยชอบธรรมว่างลงตั้งแต่การสิ้นพระชนม์ของสมเด็จพระสันตะปาปาปิอุสที่ 12 หรือสมเด็จพระสันตะปาปายอห์นที่ 23 เนื่องจากถือว่าพระสันตะปาปาทุกพระองค์นับแต่การสังคายนาวาติกันครั้งที่สองเป็นพวกนอกรีต[24][25]
• สามารถสืบค้นตำแหน่งสถานที่ประสูติของพระสันตะปาปาที่ปรากฏในรายพระนามนี้จากแผนที่ Pope Birthplace Map นี้ได้