ประวัติของรูตเบียร์ไม่ทราบแน่ชัด แต่แบ่งได้เป็นสองทฤษฎี โดยทฤษฎีแรก รูตเบียร์ปรากฏในผลงานของวิลเลียม เชกสเปียร์หลายครั้ง ในชื่อสมอลเบียร์[1][ต้องการอ้างอิงเต็ม] แต่รสอ่อนและบางกว่า และมีแอลกอฮอล์น้อยกว่า ทำจากสมุนไพรและผลเบอร์รี บางคนก็เรียกว่า เบิร์ชเบียร์ (Birch Beer), ซาร์สพาริลลาเบียร์ (Sarsparilla Beer) หรือจินเจอร์เบียร์ (Ginger Beer) และเป็นที่นิยมมากในหมู่ชาวไร่ชาวนาในคริสต์ศตวรรษที่ 18

ส่วนทฤษฎีที่สอง รูตเบียร์เกิดจากการทดลองของ ชาลส์ เอลเมอร์ ไฮส์ เภสัชกรจากฟิลาเดลเฟีย รัฐเพนซิลเวเนีย ที่กำลังคิดค้นสูตรในการผลิตยาสมุนไพร โดยนำรากไม้มาผสมกับสมุนไพรหลายชนิดแล้วหมักไว้ แต่รูตเบียร์ที่ได้ในครั้งแรกมีรสค่อนข้างขม ไฮส์จึงปรับสูตรเรื่อยมาจนเป็นที่พอใจ และนำออกจำหน่ายครั้งแรกเมื่อปี ค.ศ. 1893 ในชื่อ "รูตทรี" แต่ไม่เป็นที่นิยม เขาจึงเปลี่ยนชื่อใหม่เป็น "รูตเบียร์"[2] และเป็นที่นิยมแพร่หลายในเวลาต่อมา[3]