ปี 2170 ณ เวลามีเรพลิรอยด์มีอิทธิพลต่อโลกมากที่สุด มนุษย์กลายเป็นเพียงสิ่งมีชีวิตธรรมดาๆอ่อนแอและเปราะบาง มีชีวิตได้โดยการอาศัยอยู่ใต้ดิน อย่างไรก็ตามเรพลิรอยด์ส่วนใหญ่ก็ไม่ได้คิดจะยึดอึดอำนาจหรือต่อต้านมนุษย์ ต่างช่วยกันฟื้นฟูสภาพของผิวโลกให้กลับมาสู่สถานการณ์ปกติ เช่นเดียวกับเหล่าอิเรกูลาร์ทั้งหลายเองยังคงก่อความวุ่นวายกันตามปกติ เอ็กซ์ หัวหน้าอิเรกูลาร์ฮันเตอร์หน่วยที่ 17 ต้องถอนตัวจากหน่วยเพราะเขาต้องการสันติภาพที่ไม่ได้มาจากการสูญเสีย

รัฐบาลเห็นว่า อิเรกูลาร์ฮันเตอร์ในขณะนี้ประสิทธิภาพลดลงไปอย่างมากหลังจากขาดเอ็กซ์ไปเหลือเพียงแค่ซีโร่เท่านั้นที่พอจะต่อกรกับเหล่าอิเรกูลาร์ได้ จึงได้ส่งองค์กรใหม่ที่ชื่อว่า เรดอเลิร์ต (Red Alert) ขึ้นมาทำหน้าที่แทน