ใน 21XX มนุษย์มีการเจริญเติบโตโดยขณะนี้เมื่อ Reploids กลายเป็น Maverick และการก่อกบฏของพวกเขาไม่มีที่สิ้นสุด ต้องขอบคุณเทคโนโลยีใหม่ที่มนุษย์เริ่มอพยพไปยังดวงจันทร์กับ "โครงการ Jakob" ในฐานะที่เป็นส่วนหนึ่งของโครงการ, ลิฟต์ Jakob วงถูกสร้างขึ้นในหมู่เกาะกาลาปากอส, และรุ่นใหม่ขั้นสูงของ Reploids ได้ถูกสร้างขึ้นมาเพื่อทำงานในพื้นผิวของดวงจันทร์ อย่างไรก็ตาม Vile จับ Reploid ในความดูแลของโครงการ Jakob, Lumine และการโจมตีหลาย Maverick แตกออกทั่วโลกHunters Maverick ต้องต่อสู้กับ Mavericks ในขณะที่พยายามหา Lumine

ลิฟต์ Jakob โคจรเพิ่มโดย QuickAfter เอาชนะ Mavericks ก็ค้นพบว่าซิกม่าอยู่เบื้องหลังการโจมตีและเขาอยู่กับ Vile และ Lumine บนดวงจันทร์ แผนของเขาคือการทำลายโลกเก่าที่จะสร้างโลกใหม่ด้วย "เด็กของเขา" Reploids คนรุ่นใหม่ X, Zero และ Axl หัวไปยังดวงจันทร์และทำลาย Sigma อีกครั้ง แต่หลังจากที่พ่ายแพ้ Sigma ของ Lumine จะปรากฏขึ้นเพื่อทำลายพวกเขาบอกว่ามรดกของซิกม่าชีวิตอยู่ใน Reploids คนรุ่นใหม่ หลังจากการต่อสู้ที่ยากลำบาก, Lumine พ่ายแพ้ แต่ไม่ก่อนที่โดดเด่นคริสตัลหมวกกันน็อคเอ็กเซิลและการแสดงผลให้เขาหมดสติ

เกี่ยวกับการเดินทางกลับ, เอ็กซ์และศูนย์ไตร่ตรองธรรมชาติของวิวัฒนาการ Reploid และความตายสุดท้ายของซิกม่าในขณะที่คริสตัลของ Axl ให้เรืองแสงสลัวลางไม่ดี

ต่อมา Lumine ของหยุดความตายผลิตในอนาคตของชิปสำเนาใน Reploids คนรุ่นใหม่ แต่เนื่องจากความจำเป็นสำหรับพวกเขาในการพัฒนาของการท่องเที่ยวในพื้นที่, การผลิตชิปสำเนาเริ่มต้นอีกครั้งเวลาต่อมา