การลดจำนวนของลิงซ์สเปนในช่วงทศวรรษ 1960 มีสาเหตุหลักมาจากการสูญเสียถิ่นที่อยู่อาศัย และกระต่ายยุโรปซึ่งเป็นสัตว์เหยื่อหลักลดจำนวนลง โรคพอกซ์ไวรัสและมิกโซมาโตซีสที่นำมาจากอเมริกาใต้ในช่วงต้นทศวรรษ 1950 มีผลกระทบอย่างร้ายแรงต่อกระต่ายยุโรปเพราะไม่มีภูมิคุ้มกันตามธรรมชาติ

ในช่วงแรกที่มีการระบาด กระต่ายถึงกับเกือบหายไปจากหลายพื้นที่ หลังจากนั้นกระต่ายยุโรปจึงค่อยปรับตัวและสร้างภูมิคุ้มกันโรคมิกโซมาโตซีสขึ้นมา ทำให้โรคนี้ไม่ใช่ปัญหาใหญ่อีกต่อไป แต่ภัยต่อกระต่ายยังไม่หมดสิ้น เพราะมีโรคใหม่เข้ามาในสเปนในปี พ.ศ. 2531 นั่นคือ ไวรัลแฮมมอร์ราจิกนิวโมเนีย ทำให้กระต่ายล้มตายไปเป็นจำนวนมาก พร้อมกับสภาพถิ่นที่อยู่อาศัยทั้งในสเปนและโปรตุเกสมีการเปลี่ยนสภาพจากทุ่งหญ้าสลับป่าละเมาะซึ่งเหมาะสำหรับกระต่ายไปเป็นทุ่งธัญพืชและป่าปลูกแทน

นอกจากภัยคุกคามด้านอาหารและพื้นที่ทำกินแล้ว ลิงซ์ก็ยังถูกล่าเพื่อเอาหนังด้วย และบางครั้งเมื่อลิงซ์ไปล่าสัตว์ของชาวบ้านก็ต้องถูกชาวบ้านฆ่ากลับด้วย

แม้สัตว์ชนิดนี้จะได้รับการคุ้มครองในเขตอนุรักษ์ตามกฎหมายแต่ยังมีการอนุญาตให้ล่านอกเขตอนุรักษ์อยู่

สัดส่วนเทียบเป็นร้อยละของสาเหตุการตายของลิงซ์สเปน

(Rodrํguez and Delibes 1990)

กับดักที่นายพรานทำไว้ดักกระต่ายก็นำความตายมาสู่ลิงซ์ได้เช่นกัน โดยเฉพาะกำดักประเภทแร้วและกับดักชนิดเหยียบ แม้ปัจจุบันจะมีการใช้กับดักเหล่านี้น้อยลงก็ตาม ส่วนสาเหตุการตายอื่น ๆ เช่นบนท้องถนนมีไม่มากนักเมื่อเทียบกับการตายจากสาเหตุอื่น

การที่จำนวนประชากรเหลือน้อยซ้ำยังพื้นที่ถูกซอยแยกจากกัน อาจทำให้ลิงซ์ขาดความหลากหลายทางพันธุกรรม เค้าลางของปัญหานี้เริ่มปรากฏขึ้นในปี พ.ศ. 2536 เมื่อมีการสำรวจประชากรในโกโตโดยานาซึ่งมีลิงซ์อยู่ราว 40-50 ตัวแต่ถูกตัดขาดออกจากกันมาตั้งแต่ทศวรรษ 1960 พบว่าลิงซ์ที่นี่มีรูปแบบของลวดลายขนสามแบบ แต่ไม่พบแบบที่เป็นลายจุดละเอียดซึ่งเป็นแบบที่หายากกว่า