เนื้อเรื่องของลิลิตยวนพ่ายจะกล่าวถึงพระราชประวัติของสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ โดยเริ่มจากการกล่าวนมัสการพระพุทธเจ้าและยกหัวข้อธรรมะเพื่อสรรเสริญสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ แล้วจึงเริ่มกล่าวถึงพระราชประวัติของพระองค์ตั้งแต่ประสูติจนกระทั่งเสด็จขึ้นครองราชสมบัติเป็นพระมหากษัตริย์แห่งกรุงศรีอยุธยา ต่อมา เจ้าเมืองพิษณุโลกเอาใจออกห่างกรุงศรีอยุธยาโดยหันไปติดต่อกับพระเจ้าติโลกราช พระองค์จึงทรงยกทัพไปขึ้นไปตีและปราบปรามมาจนสงบและเสด็จประทับที่เมืองพิษณุโลก

ต่อมา จึงกล่าวถึงเหตุการณ์ที่พระเจ้าติโลกราชเสียพระจริตประหารหนานบุญเรือง ราชบุตรและหมื่นดังนคร เจ้าเมืองเชียงชื่น เป็นเหตุให้ภรรยาของหมื่นดังนครไม่พอใจและส่งสารมาพึ่งพระบรมโพธิสมภารของสมเด็จสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ พระองค์จึงยกทัพไปช่วยจนเกิดสงครามระหว่างกรุงศรีอยุธยากับเมืองเชียงใหม่ พระเจ้าติโลกราชทรงยกทัพมาป้องกันเมืองเชียงชื่น เสร็จแล้วเสด็จกลับไปรักษาเมืองเชียงใหม่ สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถทรงกรีธาทัพหลวงขึ้นไปรบตีเชียงใหม่พ่ายไปได้เมืองเชียงชื่น ตอนสุดท้ายป็นการยอพระเกียรติสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถอีกครั้งหนึ่ง