ลุฟท์ฮันซ่าซิตีแอร์ไลน์มีจุดเริ่มต้นจากแผนการของลุฟท์ฮันซ่าที่จะก่อตั้งสายการบินระดับภูมิภาคแห่งใหม่ในชื่อซิตีไลน์ 2 (Cityline 2) อย่างไรก็ตาม โครงการนี้ถูกยกเลิกในเวลาต่อมาเนื่องจากการวิพากษ์วิจารณ์จากสหภาพแรงงาน[3]

ลุฟท์ฮันซ่ามีแผนการก่อตั้งซิตีแอร์ไลนส์วันที่ 5 เมษายน ค.ศ. 2022 เมื่อต้นเดือนมิถุนายน 2566[4] ในเดือนมิถุนายน ค.ศ. 2023 ซิตีแอร์ไลนส์ได้รับใบรับรองผู้ดำเนินการเดินอากาศจากสำนักงานการบินกลาง[5] และรับมอบเครื่องบินแอร์บัส เอ319-100 ที่โอนย้ายมาจากลุฟท์ฮันซ่าซิตีไลน์[6] ก่อนที่จะถูกโอนย้ายกลับคืนไปในเดือนตุลาคม โดนสายการบินจะได้รับเอ319 จำนวน 4 ลำจากยูโรวิงส์แทน