เจ้าหญิงลูอีเซอทรงอภิเษกสมรสที่พระราชวังอามาเลียนเบิร์กณ กรุงโคเปนเฮเกนในวันที่ 28 พฤษภาคม พ.ศ. 2385 กับพระญาติของพระนางคือ เจ้าชายคริสเตียนแห่งชเลวิช - โฮลสไตน์ - ซอนเดนเบิร์ก - กวอกเบิร์กผู้ซึ่งต่อไปได้รับเลือกเป็นเจ้าชายรัชทายาทแห่งเดนมาร์กและครองราชย์เป็น พระเจ้าคริสเตียนที่ 9 แห่งเดนมาร์ก

ทางพระบิดาของเจ้าชาย เจ้าชายคริสเตียนทรงเป็นสมาชิกชายอ่อนอาวุโสในสายราชวงศ์โอลเดินบวร์คและทรงเป็นเชื้อสายของเคานท์เทสเฮลวิกแห่งชูเอนเบิร์กพระมารดาของกษัตริย์พระองค์แรกแห่งราชวงศ์โอลเดินบวร์คคือ พระเจ้าคริสเตียนที่ 1 แห่งเดนมาร์ก ทำให้เจ้าชายคริสเตียนเป็นผู้มีคุณสมบัติอันเหมาะสมในการสืบราชัลลังก์

เจ้าชายคริสเตียนเป็นพระปนัดดาในพระเจ้าเฟรเดอริกที่ 5 แห่งเดนมาร์กทางพระมารดาของเจ้าชายคือ เจ้าหญิงลูอีเซอ คาโรลีน แห่งเฮ็สเซิน-คัสเซิล พระมารดาของเจ้าหญิงลูอีเซอ คาโรลินเป็นพระธิดาพระองค์ที่ 3 ในพระเจ้าเฟรเดอริคที่ 5 เจ้าชายคริสเตียนประสูติมาโดยกำพร้าจึงอยู่ในความดูแลของพระมาตุจฉาคือ พระนางมารี โซฟีแห่งเฮ็สเซิน-คัสเซิลและพระเจ้าเฟรเดอริกที่ 6 แห่งเดนมาร์ก