รองศาสตราจารย์ วรากรณ์ สามโกเศศ ประธานกรรมการในคณะกรรมการปฏิรูปประเทศด้านการศึกษา กรรมการในคณะที่ปรึกษาด้านผลกระทบทางเศรษฐกิจและสังคมใน ศูนย์บริหารสถานการณ์การแพร่ระบาดของโรคเชื้อไวรัสโคโรนา 2019 (โควิด-19) กรรมการสภาผู้ทรงคุณวุฒิในสภาพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ[1] กรรมการผู้ทรงคุณวุฒิในคณะกรรมการวัคซีนแห่งชาติ กรรมการในคณะกรรมการจัดทำยุทธศาสตร์ชาติด้านการพัฒนาและเสริมสร้างศักยภาพทรัพยากรมนุษย์[2] อธิการบดีกิตติคุณมหาวิทยาลัยธุรกิจบัณฑิตย์ กรรมการสภามหาวิทยาลัยผู้ทรงคุณวุฒิ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์[3] ประธานกรรมการและกรรมการผู้ทรงคุณวุฒิในคณะกรรมการประเมินผลการดำเนินงานของกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ[4]อดีตประธานกรรมการในคณะกรรมการบริหารสำนักงานรัฐบาลอิเล็กทรอนิกส์[5]อดีตประธานกรรมการในคณะกรรมการบริหารสำนักงานความร่วมมือพัฒนาเศรษฐกิจกับประเทศเพื่อนบ้าน (องค์การมหาชน)[6]กรรมการผู้ทรงคุณวุฒิ ด้านการบริหารธุรกิจ ในคณะกรรมการส่งเสริมวิสาหกิจชุมชน[7]กรรมการผู้ทรงคุณวุฒิในคณะกรรมการความลับทางการค้า ได้รับเลือกเป็นคณะกรรมการสรรหาเลขาธิการสำนักงานหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ ในปี พ.ศ. 2559[8]ที่ปรึกษาผู้ทรงคุณวุฒิของคณะกรรมการเตรียมการยุทธศาสตร์ชาติ ตามคำสั่งนายกรัฐมนตรีที่ 8/2560[9]และได้รับเลือกเป็นคณะกรรมการข้าราชการตำรวจ (ก.ตร.) ผู้ทรงคุณวุฒิ สาขาเศรษฐศาสตร์ กรรมการผู้ทรงคุณวุฒิในคณะกรรมการพัฒนาระบบราชการ[10] นอกจากนั้นยังเคยได้รับแต่งตั้งเป็นสมาชิกสภาร่างรัฐธรรมนูญ พ.ศ. 2550 และรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการ ในรัฐบาลของพลเอกสุรยุทธ์ จุลานนท์