ด้วยสภาพทางภูมิศาสตร์ตั้งแต่ยุคเอโดะตอนต้น ภายใต้อิทธิพลของตระกูลมัตสึมาเอะ วักกาไนได้เป็นท่าเรือได้รับการพัฒนาเป็นเมืองประมงที่มีปลาคุณภาพสูง และในสมัยเอโดะตอนกลางวักกะไนก็ถูกวางเป็นเมืองหน้าด่านในการป้องประเทศจากทางเหนือ

ภายหลังสงครามรัสเซีย-ญี่ปุ่น จักรวรรดิญี่ปุ่นได้เข้ายึดครองเกาะซาฮาลินส่วนหนึ่ง และได้เปิดเส้นทางไปยังซาฮาลิน ต่อมาในยุคไทโช ได้มีการก่อสร้างทางรถไฟไปยังเมืองใหญ่ทางตอนเหนือ ต่อมาภายหลังสงครามโลกครั้งที่สอง ได้กลายเป็นฐานสำหรับการพัฒนาทางการประมงในทะเลเหนือ