ในปี 2541 วัคซีนไวรัสโรตา (RotaShield โดยบริษัทไวเอต) ได้รับใบอนุญาตการใช้ในประเทศสหรัฐอเมริกา ผลจากการศึกษาวิจัยในสหรัฐอเมริกา, ฟินแลนด์ และเวเนซุเอลา พบว่าวัคซีนนี้มีประสิทธิภาพในการป้องกันภาวะอุจจาระร่วงที่มีไวรัสโรตา A เป็นสาเหตุได้ถึง 80 ถึง 100% และนักวิจัยก็ไม่พบเหตุการณ์ไม่พึงประสงค์ที่มีนัยสำคัญทางสถิติแต่อย่างใด อย่างไรก็ตาม ผู้ผลิตวัคซีนได้หยุดวางจำหน่ายวัคซีนนี้ในปี 2542 หลังจากที่พบว่าวัคซีนนี้อาจเพิ่มความเสี่ยงของโรคลำไส้กลืนกัน หรือการอุดตันของลำไส้ ในเด็กทารกที่ได้รับวัคซีนหนึ่งคนทุกๆ 12,000 คน หลังจากความล่าช้าถึงแปดปี จนกระทั่งบริษัทคู่แข่งขันสามารถนำวัคซีนใหม่ออกจำหน่ายซึ่งแสดงผลที่มีความปลอดภัยและมีประสิทธิภาพมากกว่าในเด็ก: Rotarix โดยบริษัทแกล็กโซสมิทไคล์น[16] และ RotaTeq โดยบริษัทเมอร์ค[20] การให้วัควีนทั้งสองชนิดนี้คือการหยดใส่ปากและมีส่วนประกอบของเชื้อไวรัสมีชีวิตที่อ่อนฤทธิ์

อย่างไรก็ตาม เนื่องจากประสบการณ์ที่ผ่านมา ทำให้เกิดการโต้เถียงเกี่ยวกับความเสี่ยงและประโยชน์ที่เกี่ยวข้องของวัคซีนไวรัสโรต้า ทั้งนี้เนื่องจากไวรัสโรต้าเป็นสาเหตุของการเสียชีวิตจากภาวะท้องร่วงในเด็กที่อายุต่ำกว่า 5 ปีทั่วโลกที่คิดเป็นอัตรา 29% และดังนั้นจึงสามารถหลีกเลี่ยงการเสียชีวิตได้ถึง 4.2 ล้านคนในภูมิภาคต่างๆ ของโลกในช่วงเวลา 8 ปีนั้น ในขณะเดียวกัน ประเทศอื่นๆ เช่น บราซิล และ แม็กซิโก ได้ทำการศึกษาวิจัยอิสระเกี่ยวกับระบาดวิทยาของตนเอง ซึ่งแสดงให้เห็นว่าการเสียชีวิต 4 รายนั้นมีสาเหตุจากวัคซีน ขณะเดียวกันในแต่ละวัคซีนนี้สามารถป้องกันจำนวนผู้เข้าพักรักษาตัวในโรงพยาบาลได้ประมาณ 80,000 รายและการเสียชีวิตอีก 1300 รายจากภาวะท้องร่วงในประเทศของตน[21] ตัวอย่างนี้ชี้ให้เห็นถึงความสำคัญของความระมัดระวังของวิทยาการระบาดของประเทศโดยเฉพาะ ซึ่งให้ความสามารถของการพิจารณาสมดุลระหว่างประโยชน์และโทษบนพื้นฐานของเหตุผล