ลำปาง

บุรีรัมย์ ยูไนเต็ด

ในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2561 บุรีรัมย์ ยูไนเต็ด บรรลุข้อตกลงในการคว้าตัววัชรกร มะโนวร นักเตะดาวรุ่งจากลำปาง มาร่วมทีมเป็นที่เรียบร้อย[2] โดยเขาจะสวมเสื้อหมายเลข 88 ต่อมาในวันที่ 2 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2562 ไทยแลนด์แชมเปียนส์คัพ นัดชิงชนะเลิศ บุรีรัมย์ ยูไนเต็ด แชมป์ไทยลีก ฤดูกาล 2561 เจอกับ สิงห์ เชียงราย ยูไนเต็ด แชมป์ช้าง เอฟเอคัพ 2561 ที่สนามกีฬากองทัพบกในกรุงเทพมหานคร วัชรกรมีชื่อเป็นตัวสำรองในนัดนั้น สุดท้าย บุรีรัมย์ แซงเอาชนะ สิงห์ เชียงราย 3–1 ช่วยให้บุรีรัมย์คว้าแชมป์ไทยแลนด์แชมเปียนส์คัพ สมัยแรก ได้สำเร็จ[3] ต่อมาในวันที่ 19 มิถุนายน พ.ศ. 2562 การแข่งขันช้าง เอฟเอคัพ รอบ 32 ทีมสุดท้าย วัชรกรลงเล่นนัดแรกให้กับสโมสร และทำหนึ่งประตู ช่วยให้บุรีรัมย์เปิดบ้านเอาชนะลำปางไปได้ 4–1 ผ่านเข้าสู่รอบ 16 ทีมสุดท้ายได้สำเร็จ[4]

ขอนแก่น (ยืมตัว)

ในวันที่ 19 มิถุนายน พ.ศ. 2562 หลังจากที่การแข่งขันช้าง เอฟเอคัพ รอบ 32 ทีมสุดท้าย จบลงไปได้ไม่กี่ชั่วโมง ขอนแก่นในไทยลีก 2 ได้บรรลุข้อตกลงในการยืมตัววัชรกร มะโนวร จากบุรีรัมย์ ยูไนเต็ด เป็นที่เรียบร้อย โดยสัญญายืมตัวจะมีผลจนจบฤดูกาล 2562[5]

จบฤดูกาล วัชรกรลงเล่นในลีกให้กับขอนแก่นทั้งหมด 16 นัด ช่วยให้สโมสรจบอันดับที่ 8 ซึ่งเป็นครึ่งบนของตาราง