วัชระ เข้าสู่วงการการเมืองด้วยการได้รับเลือกตั้งเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรครั้งแรก ใน พ.ศ. 2550 สังกัดพรรคชาติไทย และได้รับเลือกเรื่อยมาจนถึง พ.ศ. 2562 รวม 2 สมัย

สมาชิกสภาผู้แทนราษฎร

วัชระ ยาวอหะซัน ได้รับการเลือกตั้งเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรมาแล้ว 2 สมัย คือ

1. การเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2550 จังหวัดนราธิวาส สังกัดพรรคชาติไทย → พรรคชาติไทยพัฒนา
2. การเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2562 จังหวัดนราธิวาส สังกัดพรรคพลังประชารัฐ