ในวันที่ 1 มีนาคม พ.ศ. 2555 เขาเสนอให้ยุบ ศาลปกครองศาลรัฐธรรมนูญ ให้กลายไปเป็นแผนกหนึ่งในศาลฎีกาเท่านั้น[7]โดยประเด็นนี้ทำให้สื่อมวลชนมองว่าพรรคเพื่อไทยมีความเป็นศัตรูกับ หัสวุฒิ วิฑิตวิริยกุล

ในวันที่ 11 สิงหาคม 2557 ประยุทธ์ จันทร์โอชา พูดโดยระบุว่า รู้ไหมเมื่อปี 2553 วัฒนา อยู่ตรงกลางราชประสงค์ ประตูน้ำ เขานี่เหละเป็นคนต่อรองมาตลอดกับศูนย์อำนวยการแก้ไขสถานการณ์ฉุกเฉิน (ศอฉ.) อย่างงี้ อย่างงั้น เดี่ยวผมจะเลิก นั้นแหละคือเขา รู้ซะบ้าง ทั้งแก๊งนั้นแหละ เราก็โอเค ใครจะป่วยจะไข้ก็ดูแล หวังว่ามันคงจะเรียบร้อย ปรากฏว่า ความรุนแรงก็เกิดขึ้น ก็คนเหล่านี้รู้เรื่องทั้งหมด ผมถามว่าคุณจะเชื่อใคร เชื่อเขาหรือเชื่อผม ประยุทธ์ จันทร์โอชา กล่าว[8]

ในวันที่ 2 มีนาคม พ.ศ. 2559 เขาตกเป็นผู้ต้องหาในคดีความผิดตามพระราชบัญญัติว่าด้วยการกระทำความผิดเกี่ยวกับคอมพิวเตอร์ พ.ศ. 2550 โดยเจ้าหน้าที่ทหารเป็นผู้สั่งฟ้องและจับกุมในวันดังกล่าวก่อนที่จะนำตัวขึ้นศาลในวันที่ 3 มีนาคม พ.ศ. 2559[9] ศาลอนุมัติฝากขัง 12 วัน ก่อนที่เขาจะขอประกันตัวโดยวางเงินหนึ่งแสนบาท ศาลอนุญาตแต่ห้ามเดินทางออกนอกประเทศ

ในวันที่ 20 เมษายน พ.ศ. 2559 ที่ จรัญ สังข์ศิริ คณะทำงานด้านกฎหมาย รับมอบอำนาจจากหัวหน้าคณะทำงานด้านกฎหมายส่วนรักษาความสงบเรียบร้อย สำนักงานเลขาธิการ คณะรักษาความสงบแห่งชาติ เดินทางเข้าพบ พ.ต.ท.สมนึก สันติภาคะนันท์ เพื่อแจ้งความดำเนินคดีกับนายวัฒนา เมืองสุข ในข้อหาฝ่าฝืนคำสั่ง คณะรักษาความสงบแห่งชาติ คำสั่งที่ 39/2557 ว่าด้วยเรื่องห้ามเคลื่อนไหวทางการเมือง แต่นายวัฒนาผิดเงื่อนไข เนื่องจากพยายามออกมาโพสต์เฟซบุ๊กตอบโต้การบริหารงานของรัฐบาลหลายครั้ง มีโทษจำคุก 2 ปี ปรับไม่เกิน 4 หมื่นบาท หรือทั้งจำทั้งปรับ[10]วันที่ 1 ตุลาคม 2559 เขาเข้าร่วมกับกลุ่มนปช. สหรัฐอเมริกา[11]ในปีเดียวกัน ปปช.มีความเห็นให้ไต่สวนกรีณีทุจริตต่อหน้าที่ คดีบ้านเอื้ออาทร[12]ในวันที่ 18 เมษายน พ.ศ. 2560 ตำรวจกองบังคับการปราบปรามการกระทำความผิดเกี่ยวกับอาชญากรรมทางเทคโนโลยี แจ้งความดำเนินคดี ตามพระราชบัญญัติ คอมพิวเตอร์ โดยกล่าวหาว่าเขานำเข้าข้อมูลอันเป็นเท็จ[13]

ต่อมาเมื่อวันที่ 14 มิ.ย. 2560 มีบุคคลจากสำนักงานคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ เปิดเผยว่า เมื่อช่วงต้นปีที่ผ่านมา คณะกรรมการ ป.ป.ช. มีมติชี้มูลความผิดนายวัฒนา เมืองสุข เมื่อครั้งดำรงตำแหน่ง รมว.การพัฒนาสังคมและความมั่นคงของมนุษย์ สมัยรัฐบาลดร.ทักษิณ ชินวัตร และอดีตรัฐมนตรีหลายสมัย กับพวก กรณีถูกกล่าวหาว่า ทุจริตโครงการบ้านเอื้ออาทร[14]วันที่ 21 ธ.ค. มีข่าวฉาวกับนักกิจกรรมทางสังคม ได้ฉายา พระเอกหนังเอ๊กซ์แห่งพรรคเพื่อไทย ภายใต้การสนับสนุน โดย บุญยอด สุขถิ่นไทย สมาชิก พรรคประชาธิปัตย์