วัดกลางคลองสี่สร้างขึ้นในปี ในวันพุธขึ้น9ค่ำเดือน4 ปีจอ โทศก พ.ศ. 2453 ตรงกับวันพุธที่8มีนาคม พ.ศ. 2453 ร.ศ.129 จ.ศ.1272 โดยความร่วมแรงร่วมใจจากชาวบ้านคลองสี่ ซึ่งเดิมเป็นชาวมอญ ที่อพยพมาจากเมืองมะละแม่งสมัยพระเจ้ากรุงธนบุรีและมาตั้งถิ่นฐานที่บ้านบางตลาดปากเกร็ด นนทบุรี ต่อมาเมื่อมีการพัฒนาทุ่งรังสิตเมืองธัญบุรี ชาวมอญบางส่วนย้ายถิ่นฐานมาทำมาหากินทำนาในที่แห่งนี้ และสร้างวัดนี้ขึ้น หลังจากนั้นชาวบ้านได้อาราธนาพระภิกษุจากวัดสายไหมมาจำพรรษา และได้นิมนต์พระอาจารย์ด๊วด ญาณวโร (พระครูวิเศษธัญญโศภิต) จากวัดสนามเหนือ อำเภอปากเกร็ด จังหวัดนนทบุรีมาเป็นเจ้าอาวาสวัด หลวงปู่ด๊วด ญาณวโร เป็นพระภิกษุสงฆ์ที่เป็นครูบาอาจารย์ที่ชาวปทุมธานีเคารพนับถือไม่เคยเสื่อมคลาย ท่านได้สนับสนุนการศึกษาด้วยดีมาตลอด ได้เปิดโรงเรียนพระปริยัติธรรมและโรงเรียนประชาบาลขึ้นเป็นแห่งแรกในอำเภอลำลูกกา เมื่อสิ้นหลวงปู่ด๊วด ญาณวโร พระอาจารย์ทองอินทร์ เตชวุฑโฒ (พระมงคลศีลาจารย์) ได้ดำเนินการก่อสร้างบูรณะซ่อมแซมวัดได้เจริญอย่างมากในทุก ๆ ด้าน ทั้งได้สนับสนุนทุนการศึกษา ให้แก่โรงเรียนวัดกลางคลองสี่ตลอด ท่านเป็นพระเถรานุเถระที่มีอายุและพรรษากาลมากถึง 96 ปี ที่เป็นที่เคารพของชาวบ้านและคณะสงฆ์ในจังหวัดปทุมธานี วัดแห่งนี้ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อวันที่ 21 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2467 และผูกพันธสีมาเมื่อวันที่ 27 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2526 เดิมวัดแห่งนี้มีนามว่า "วัดใหม่กลางคลองสี่" แต่ได้เป็นนามเป็น "วัดกลางคลองสี่" เมื่อปี พ.ศ. 2480