วัดสร้างขึ้นในสมัยอยุธยาตอนปลาย[1] สันนิษฐานว่าวัดนี้น่าจะสร้างขึ้นมาตั้งแต่ครั้งที่สมเด็จพระเจ้าอยู่หัวท้ายสระทรงโปรดฯ ให้ขุดคลองลัดนี้ในสมัยอยุธยา พม่ายึดเมืองนนทบุรีได้และมาตั้งค่ายอยู่ที่หลังวัดกลางเกร็ด เพื่อรวบรวมพลไปตีกรุงศรีอยุธยา เมื่อกรุงศรีอยุธยาเสียแก่พม่า เมื่อ พ.ศ. 2310 พม่าได้มายึดด่านปากเกร็ดเป็นด่านตรวจจับคนไทยที่ผ่านด่านนี้ วัดกลางเกร็ดจึงถูกทิ้งร้างไประยะหนึ่ง จนสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชทรงโปรดเกล้าฯ ให้คนมอญตั้งบ้านเรือนอยู่ที่บ้านปากเกร็ดใกล้ด่านปากเกร็ด วัดกลางเกร็ดจึงได้รับการดูแลจากคนมอญ ต่อมาคนไทยได้เข้ามาทำหน้าที่รักษาด่านและมาตั้งบ้านเรือนอยู่ที่บ้านปากด่านบริเวณปากคลองลัดเกล็ดด้านใต้จำนวนมาก ได้ร่วมกันปฏิสังขรณ์และทำบุญที่วัด จึงมีคนไทยมากกว่าคนมอญ[2] วัดได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อ พ.ศ. 2332