วัดคลองตะเคียน หรือเรียกในภาษาปากว่า "วัดใหม่" ด้วยเป็นวัดที่ตั้งขึ้นภายหลังวัดอื่นในชุมชน การเรียกชื่อวัดใหม่จึงเป็นภาษาปากที่เรียกขึ้นแทนชื่อวัดว่าเป็นวัดใหม่ตั้งขึ้นในภายหลังเมื่อเทียบกับวัดคุ้งยาง วัดฤทธิ์ เป็นต้น] หรือในชื่ออื่น อาทิ วัดป่าสัก วัดสักวัน (อ่านว่า สัก-กะ-วัน ที่หมายถึง สวนสัก) ซึ่งบริเวณวัดเป็นป่าไม้สักเก่าแก่ ยังมีซากตอให้เห็นอยู่ในสมัยนั้น เมื่อ 100 กว่าปี จากคำบอกเล่าว่าวัดเริ่มก่อตั้งขึ้นในสมัยสุโขทัย โดยมีหลักฐานเนื่องต่อเป็น "วัดร้าง" ที่ถูกขึ้นทะเบียนเป็นวัดร้างโดยกองศาสนสมบัติกลาง สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ ในชื่อวัด "ไก่เตี้ย" [2] โดยเป็นวัดนับแต่ครั้งกรุงสุโขทัย และเป็นวัดร้าง [3] ในสมัยอยุธยาพม่าได้ยกทัพไปตีเมืองพิษณุโลกไม่สำเร็จ พม่าได้ต้อนเอาคนไทยเป็นเชลยและเผาบ้านเรือนวัดวาอารามต่าง ๆ จนเสียหายหมด ซึ่งข้อมูลนี้ได้จากพระสุขวโรทัย (หลวงพ่อห้อม) เจ้าคณะจังหวัดสุโขทัย ได้เล่าว่าคุณยายของท่านเมื่อตอนอายุ 80 ปี จะเตรียมหุงข้าวแล้วตากให้แห้งนำเก็บใส่ไว้ในไถ้ (ถุงสะพายชนิดหนึ่ง) พร้อมด้วยกระบอกน้ำ ตำน้ำพริกใส่กระบอกไปกินยามคับขันเมื่อเวลาพม่ามาชาวบ้านจะเตรียมเสบียงใส่ไม้คานหาบไว้เลย รวมทั้งจัดเจ้าหน้าที่ช่วยกันสอดแนมคอยเฝ้าระวังอยู่ตลอดเวลา พม่ามาถึงก็จะให้สัญญาณแล้วรีบหนีเข้าไปหลบภัยในป่า พม่ามักจะมาในฤดูข้าวเหลือง ผู้ใดหนีไม่ทันจะถูกต้อนเป็นเชลยเพื่อใช้งาน คนชราหรือคนมีครรภ์ใกล้คลอดนำกลับไปยากก็จะถูกพม่าฆ่าทิ้งลงที่ถ้ำไทร ถ้ำไทรนี้ปรากฏชื่ออยู่ที่ข้างโรงเรียนบ้านสวนเหนือ “ประชาบำรุง”

การตั้งวัดในภายหลังเกิดขึ้นจากการที่นายเจอ เหลี่ยมไทย อุบาสก ได้บริจาคที่ดินให้กับทางคณะสงฆ์ โดยการนำของหลวงพ่อห้อม อมโร ซึ่งเป็นมาตุภูมิของท่าน และได้ริเริ่มก่อตั้งจนกระทั่งเป็นวัดโดยการส่งพระปลัดทองดี มหาวีโร สังกัดวัดคูหาสุวรรณ ต.ธานี อ.เมือง จ.สุโขทัย ซึ่งมีพื้นถิ่นบ้านเกิดบริเวณนั้นให้ไปเป็นเจ้าอาวาส และก่อร่างสร้างวัดกับชุมชนให้ก้าวหน้ามาจนกระทั่งปัจจุบัน