วัดชัยพฤกษมาลาสร้างขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2300 ตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยา จนช่วงต้นกรุงรัตนโกสินทร์กลายเป็นวัดร้าง โดยในช่วงสร้างกรุงรัตนโกสินทร์ในรัชกาลที่ 1 ได้โปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จพระเจ้าลูกยาเธอพระองค์ใหญ่ (ร.2) รื้ออิฐวัดชัยพฤกษ์ไปสร้างกำแพงพระนครส่วนที่พระองค์ทรงเป็นนายด้าน (ควบคุมงาน) จนในรัชสมัยรัชกาลที่ 2 โปรดให้ปฏิสังขรณ์วัดชัยพฤกษ์ขึ้นใหม่เป็นการทดแทนวัดเดิมที่ถูกรื้อ โดยมีพระราชดำริให้พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวก่อนทรงผนวช เป็นแม่กองดำเนินการสร้างวัดชัยพฤกษ์ จนในสมัยรัชกาลที่ 3 ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ยกวัดชัยพฤกษ์เข้าในบัญชีพระอารามกฐินหลวงพระราชทาน และโปรดให้พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ขณะทรงพระผนวช เสด็จฯ มาทรงจุดเทียนพรรษาและถวายพระกฐินทุกปี

ในสมัยรัชกาลที่ 4 ทรงบริจาคพระราชทรัพย์และโปรดเกล้าฯ ให้พระเจ้าลูกยาเธอ กรมหมื่นมเหศวรศิววิลาส เป็นแม่ข่ายดำเนินการซ่อมสร้างจนแล้วเสร็จ พร้อมกับพระราชทานสร้อยนามวัดว่า วัดชัยพฤกษมาลา ทั้งยังจัดทำสวน ขุดคูรอบวัด สร้างพระอุโบสถและพระวิหารเดิมให้แล้วเสร็จ สร้างศาลาการเปรียญ ก่อพระเจดีย์ใหญ่พร้อมด้วยพระเจดีย์ทิศ 4 มุม หอสวดมนต์ หอระฆัง สะพานท่าน้ำ

วัดชัยพฤกษมาลาได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาครั้งหลังสุดเมื่อวันที่ 8 พฤศจิกายน พ.ศ. 2514