ผู้สร้างวัดคือ สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส ขณะดำรงพระอิสริยยศเป็นกรมหมื่นนุชิตชิโนรส สร้างเมื่อ พ.ศ. 2379 ด้วยพระประสงค์จะใช้เป็นสถานที่ปฏิบัติธรรม เจริญวิปัสสนากรรมฐาน สำราญพระอิริยาบถในบางโอกาส โดยได้สร้างพระอุโบสถ พระวิหาร 4 ทิศ พระเจดีย์ยอดปรางค์ พระเจดีย์ใหญ่ ชาวบ้านเรียกวัดว่า วัดใหม่วาสุกรี ตามพระนามเดิม พระองค์เจ้าวาสุกรี

ต่อมาท่านได้น้อมถวายวัดเป็นพระอารามหลวงในสมัยรัชกาลที่ 4 แต่วัดยังสร้างไม่เสร็จก็ทรงสิ้นพระชนม์เสียก่อน ในสมัยรัชกาลที่ 4 ทรงโปรดเกล้าฯ ให้ช่างปั้นและเขียนรูปนาคไว้ทั่วไปเพื่อเป็นเครื่องหมายแห่งพระนามเดิม และให้ปั้นรูปพระมหามงกุฎ ลงรักปิดทองไว้เหนือเรือนแก้วหลังพระประธานในพระอุโบสถ