ปูชนียสถานที่สำคัญ ของ วัดญาณสังวรารามวรมหาวิหาร

พระอุโบสถ สร้างขึ้นเพื่อน้อมเกล้าฯ ถวายสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช โดยดัดแปลงจากแบบพระอุโบสถเก่าคณะรังษี วัดบวรนิเวศราชวรวิหาร
พระพุทธปฏิมาประธานประจำอุโบสถ ได้รับการถวายพระนามว่า "สมเด็จพระพุทธญาณนเรศวร์" สร้างน้อมเกล้าฯ ถวายสมเด็จพระนเรศวรมหาราช พระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร เสด็จพระราชดำเนินทางเททองหล่อ เมื่อวันที่ 14 สิงหาคม พ.ศ. 2523 ณ บริเวณมณฑลพิธีหน้าพระอุโบสถเก่าคณะรังษี วัดบวรนิเวศวิหาร
พระบรมธาตุเจดีย์มหาจักรีพิพัฒน์ สร้างน้อมเกล้าฯ ถวายพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชและราชวงศ์จักรี เริ่มดำเนินการสร้างมาตั้งแต่วันที่ 16 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2524 ชั้นล่างเป็นห้องโถงใหญ่ เพื่อการบำเพ็ญกุศลต่าง ๆ ชั้นที่ 2 ประดิษฐานพระเจดีย์ทองบรรจุพระบรมสารีริกธาตุ โดยมีชนวนจากพื้นปฐพีถึงที่ประดิษฐานพระบรมสารีริกธาตุ ด้านนอกชั้นที่ 3 มีซุ้มประดิษฐานพระพุทธรูปสำคัญ 3 องค์ คือ พระ ภปร. (ด้านหน้า) พระไพรีพินาศ (ด้านขวาของพระ ภปร.) และพระชินราชสีหศาสดา (ด้านซ้ายของพระ ภปร.) ส่วนชั้นที่ 2 เป็นซุ่มตราพระมหาจักรีซึ่งพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๙ ทรงอัญเชิญขึ้นประดิษฐานเมื่อวันที่ 30 กรกฎาคม พ.ศ. 2528
พระมหามณฑปพุทธบาท ภปร. สก. สร้างขึ้นด้วยความซาบซิ้งในพระคุณของพระพุทธเจ้าและพระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร และสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวง. พระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตรพระราชทานพระบรมราชานุญาตให้อัญเชิญพระปรมาภิไธยย่อ ภปร. และพระนามาภิไธยย่อ สก. ประดิษฐานที่องค์พระมหามณฑป
ศาลาอเนกกุศล สว.กว. เป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็กชั้นเดียวสร้างขึ้นเพื่อน้อมเกล้าฯ ถวายสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนีและสมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ และเสด็จพระราชดำเนินทรงวางศิลาพระฤกษ์เมื่อวันที่ 6 เมษายน พ.ศ. 2526 ใช้เป็นศาลาฉัน
พระพุทธปฏิมา อปร.มอ. ประจำศาลาอเนกกุศล สว.กว. เป็นพระปางสมาธิแบบพระ ภปร. สร้างน้อมเกล้าฯ ถวายพระบาทสมเด็จพระปรเมนทรมหาอานันทมหิดล พระอัฐมรามาธิบดินทร และสมเด็จพระมหิตลาธิเบศร อดุลยเดชวิกรม พระบรมราชชนก พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๙ พระราชทานพระบรมราชานุญาตให้อัญเชิญพระปรมาภิไธยย่อในพระบาทสมเด็จพระปรเมนทรมหาอานันทมหิดล "อปร." และพระนามภิไธยย่อในสมเด็จพระมหิตลาธิเบศอดุลยเดชวิกรม พระบรมราชชนกนาถ "มอ." ประดิษฐานที่ผ้าทิตย์
ศาลาอเนกกุศล มวก.สธ. สร้างขึ้นเพื่อน้อมเกล้าฯ ถวายพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลปัจจุบัน และสมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็ก 2 ชั้น ชั้นบนพื้นปูหินอ่อนไทยเป็นที่ประดิษฐานพระพุทธไพรีพินาศ ใช้เป็นที่สวดมนต์ทำวัตรค่ำ อบรมกัมมัฎฐานเจริญจิตภาวนา เป็นต้น