วัดสร้างประมาณปี พ.ศ. 2310 ปลายสมัยกรุงศรีอยุธยา ไม่ปรากฏนามผู้สร้างวัดได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อประมาณปี พ.ศ. 2325 เดิมชื่อว่า วัดสะเดาทอง เนื่องจากพื้นที่วัดที่ตั้งอยู่ริมแม่น้ำเจ้าพระยา ณ ขณะนั้น มีต้นสะเดาอยู่จำนวนหนึ่ง ผู้คนที่มาจอดเรือหน้าวัดก็มักมากราบไหว้ต้นสะเดาหน้าวัดและนำทองคำแผ่นมาปิด ชาวบ้านจึงเรียกว่า วัดสะเดาทอง แต่ต่อมาเปลี่ยนชื่อมาเป็น วัดดาวคนอง เนื่องจากชาวบ้านเล่ากันว่า หน้าวัดมีจระเข้ตัวหนึ่งเที่ยวอาละวาดทำลายสิ่งต่าง ๆ บริเวณคุ้งน้ำหน้าวัดเสมอ ต่อมามีชายหนุ่มได้ต่อสู้กับจระเข้จนน้ำฟุ้งกระจายเป็นดาวคนองน้ำไปทั่ว จึงเรียกว่า วัดดาวคนอง[1]

พ.ศ. 2504 พระครูนนทสารคุณ เจ้าอาวาสวัดดาวคนองในขณะนั้น ร่วมกับประชาชนชาวอำเภอธนบุรี ขอให้กระทรวงศึกษาธิการ จัดตั้งโรงเรียนประถมศึกษาตอนปลายขึ้น โดยใช้ที่ดินของวัดและที่ดินซึ่งเช่าจากสำนักงานทรัพย์สินส่วนพระมหากษัตริย์ ได้ตั้งประกาศจัดตั้งโรงเรียนวัดดาวคนองเมื่อ 1 เมษายน พ.ศ. 2520 และได้มีประกาศเปลี่ยนชื่อโรงเรียนวัดดาวคนองเป็นโรงเรียนมัธยมวัดดาวคนอง[2]