วัดบวรมงคลราชวรวิหารตั้งวัดเมื่อปี พ.ศ. 2300 ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาในปีเดียวกัน เดิมชื่อ วัดลิงขบ เนื่องจากบริเวณรอบวัดเป็นป่า มีฝูงลิงอาศัยอยู่เป็นจำนวนมาก[1] สร้างโดยชาวรามัญที่อพยพมาจากเมืองหงสาวดี ต่อมาในสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย ได้โปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จพระบวรราชเจ้ามหาเสนานุรักษ์เป็นผู้บูรณปฏิสังขรณ์วัดนี้ขึ้นใหม่เพื่ออนุเคราะห์แก่ชาวรามัญ มีพระสงฆ์รามัญอยู่มาก และมีพระผู้ใหญ่เป็นประธานสงฆ์อยู่ด้วย จึงบูรณะให้เป็นวัดส่วนกลางสำหรับพระสงฆ์รามัญนิกาย ได้พระราชทานนามใหม่ว่า วัดบวรมงคล ต่อมาสถาปนาเป็นพระอารามหลวง เมื่อ พ.ศ. 2352

ในสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวโปรดให้สร้างตำหนักขึ้นหลังหนึ่ง เรียกกันว่า กุฏิพระจอม สำหรับประทับแรมชั่วคราวสำหรับพระองค์ในยามที่มาประทับเป็นเวลานาน ๆ เพื่อทรงเสวนาและศึกษาธรรมกับพระสุเมธมุนีซึ่งเป็นพระเถรานุเถระชาวรามัญที่น่าเลื่อมใส เป็นผู้ทรงภูมิรู้และภูมิธรรม ด้วยเหตุที่พระองค์ทรงมีพระราชศรัทธาในข้อวัตรปฏิบัติของพระสงฆ์รามัญนิกายดังกล่าวนี้ จึงทำให้พระองค์โปรดสถาปนาให้มีพระสงฆ์ฝ่ายธรรมยุติกนิกายในกาลต่อมา

ปี พ.ศ. 2410 ได้มีการบูรณปฏิสังขรณ์ครั้งใหญ่ และได้มีการสร้างพระเจดีย์หงษาขึ้น เป็นพระเจดีย์หมู่ 9 องค์ ประกอบด้วยเจดีย์ใหญ่ 1 องค์ และเจดีย์บริวาร 8 องค์ เป็นศิลปกรรมแบบมอญ ล่วงเลยถึงสมัยรัชกาลที่ 6 วัดบวรมงคลได้รับพระราชทานให้โอนสังกัดเป็นวัดธรรมยุติกนิกาย

วันที่ 20 มีนาคม พ.ศ. 2498 ก่อตั้งโรงเรียนวัดบวรมงคล หรือโรงเรียนวัดลิงขบ ในเขตธรณีสงฆ์ของวัดบวรมงคล ด้านทิศตะวันตก ผู้ก่อตั้งโรงเรียน คือ ท่านเจ้าคุณพระศรีวิสุทธิวงศ์ อดีตรองเจ้าอาวาสวัดบวรมงคล[2]

ปี พ.ศ. 2560 ดำเนินการบูรณปฏิสังขรณ์ระเบียงคด จากนั้นปี พ.ศ. 2561 บูรณปฏิสังขรณ์พระเจดีย์