ตามประวัติกล่าวว่าสร้างขึ้นตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยาเป็นวัดสำคัญวัดหนึ่งทางประวัติศาสตร์ เนื่องจากในสมัยกรุงศรีอยุธยาตอนปลาย พ.ศ. 2308 กองทัพพม่ายกเข้ามาตีกรุงศรีอยุธยา สมเด็จพระเจ้าเอกทัศรับสั่งให้หัวเมืองปากใต้ยกกองทัพเรือมาตั้งค่ายสร้างกำแพงล้อมวัดบางกุ้งที่ตำบลบางกุ้ง เมืองสมุทรสงคราม เรียกว่า “ค่ายบางกุ้ง” กองทัพพม่าซึ่งยกทัพเข้ามาตามลำน้ำแม่กลองและบุกลงมาจนถึงค่ายบางกุ้ง โดยที่กองทัพของกรุงศรีอยุธยาไม่สามารถต้านทานไว้ได้ค่ายบางกุ้งจึงแตก

หลังจากพม่าตีกรุงศรีอยุธยาแตกในปี พ.ศ. 2310 ค่ายบางกุ้งก็ตกอยู่ในสภาพค่ายร้าง เมื่อสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชสถาปนากรุงธนบุรีแล้ว โปรดให้ชาวจีนรวบรวมสมัครพรรคพวกมาตั้งเป็นกองทหารรักษาค่ายเก่าที่บางกุ้ง จึงเรียกกันอีกชื่อหนึ่งว่า “ค่ายจีนบางกุ้ง” ในปี พ.ศ. 2311 หลังจากเสียกรุงศรีอยุธยาไปประมาณ 8 เดือน กองทัพพม่านำโดยเจ้าเมืองทวายยกทัพบกและทัพเรือลงมาล้อมค่ายจีนบางกุ้งไว้ ทหารจีนที่รักษาค่ายบางกุ้งสู้รบอย่างเต็มที่แต่มีกำลังน้อยกว่าเกือบจะเสียค่ายแก่พม่า กรมการเมืองสมุทรสงครามจึงมีหนังสือกราบทูลไปยังกรุงธนบุรี สมเด็จพระเจ้าตากสินทรงทราบจึงยกกองทัพมาตีทัพพม่าแตกพ่ายไป และต่อมาในปี พ.ศ. 2317 สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชยกกองทัพเรือนำทหารไปออกศึกที่บางแก้ว เมืองราชบุรี ในระหว่างการเดินทางได้หยุดกองทัพพักพลเสวยพระกระยาหารที่วัดกลางค่ายบางกุ้ง

หลักฐานโบราณสถานที่ปรากฏอยู่ในปัจจุบัน ได้แก่ พระอุโบสถก่ออิฐถือปูนปัจจุบันถูกต้นไทรขึ้นปกคลุมทั้งหลังหน้าบันของพระอุโบสถ มีปูนปั้นลวดลายพันธุ์พฤกษาประดับด้วยเครื่องถ้วยซึ่งเป็นลักษณะเฉพาะของสมัยกรุงศรีอยุธยาตอนปลาย

ภายในพระอุโบสถประดิษฐานพระพุทธรูปขนาดใหญ่สมัยอยุธยาตอนปลาย สลักจากหินทรายแดง แสดงปางมารวิชัย ชาวบ้านเรียกว่า “หลวงพ่อโบสถ์น้อย” ที่ฝาผนังของพระอุโบสถมีภาพจิตรกรรมฝาผนังรูปพระอดีตพุทธเจ้า และภาพพุทธประวัติ นอกจากนี้ยังมีสระน้ำโบราณรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้าขนาดความกว้างประมาณ 5 เมตร ความยาว 7 เมตร ที่ขอบสระมีกำแพงเตี้ยกั้น และกรุด้วยอิฐถือปูนลักษณะสอบลงไป ตั้งอยู่ทางด้านทิศเหนือของพระอุโบสถ กรมศิลปากรได้ประกาศขึ้นทะเบียนวัดบางกุ้งเป็นโบราณสถานของชาติในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 113 ตอนพิเศษ 50 เมื่อวันที่ 18 ธันวาคม พ.ศ. 2539

ที่วัดบางกุ้งนี้เองมีศาลอยู่ทางด้านหลัง โดยมีชื่อว่า "ศาลนางไม้เจ้าจอม" หรือศาลขององค์หญิงมณฑาทิพย์ (จันทร์เจ้า) ซึ่งมีความศักดิ์สิทธิ์ มีคนให้ความเคารพนับถือกันมาก