สันนิษฐานว่าสร้างวัดขึ้นในสมัยกรุงศรีอยุธยา ต่อมาได้กลายเป็นวัดร้างเมื่อคราวเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่ 2 เดิมชื่อ วัดบางคี่ จนราวปี พ.ศ. 2325 ผู้คนได้ย้ายเข้ามาตั้งถิ่นฐานบริเวณวัดเป็นจำนวนมาก อันเนื่องจากที่ตั้งอันเป็นที่ราบลุ่มและอยู่ริมคลอง ชาวบ้านจึงช่วยกันบูรณะปฏิสังขรณ์วัด ได้รับขนานนามว่า วัดบางปะกอก ตามชื่อคลอง และได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อปี พ.ศ. 2327 สันนิษฐานว่าได้รับการบูรณะปฏิสังขรณ์ พ.ศ. 2400 ในยุคท่านพระครูประศาสน์สิกขกิจ อินทโชติ (พริ้ง) เป็นเจ้าอาวาสวัด ท่านได้สร้างวิหาร สร้างเสร็จปี พ.ศ. 2484 ยังสร้างโรงเรียนวัดบางปะกอกในปีเดียวกันนี้ เมื่อคราวสงครามมหาเอเชียบูรพา วัดบางปะกอกเป็นที่หลบภัยของประชาชน เจ้านายในวังก็ต่างมาพึ่งบารมีที่วัด โดยวัดบางปะกอกอยู่ห่างจากอู่ต่อเรือของญี่ปุ่นเล็กน้อย

หลวงปู่พริ้งเป็นพระอาจารย์ที่ได้รับความนับถือมาก ทั้งเรื่องวิชาอาคม วิชาล่องหนอยู่ยงคงกระพัน รวมถึงวิทยาคมด้านการสัก มีความเชี่ยวชาญด้านการแพทย์แผนโบราณ การดูฤกษ์ยามทำนายโชคชะตา ยังได้มีการสร้างเครื่องรางของขลัง เช่น ลูกอมดำ พระพิมพ์ พระผง[1]