วัดบางรักใหญ่เป็นวัดโบราณ พระพุทธรูปศิลาในวิหารเป็นหลักฐานแสดงให้เห็นว่าวัดบางรักใหญ่ว่ามีมาตั้งแต่สมัยอโยธยาก่อนกรุงศรีอยุธยาเป็นราชธานี หรือสมัยอยุธยาตอนต้น อีกทั้งการสร้างอุโบสถหันหน้าสู่ลำน้ำเป็นคติการสร้างอุโบสถที่ถือกันอย่างเคร่งครัดตั้งแต่สมัยอยุธยาตอนต้น การหันหน้าอุโบสถไปทางลำน้ำอ้อมซึ่งเป็นทิศใต้ ไม่ได้หันหน้าอุโบสถไปทางทิศตะวันออก สามารถบอกอายุของวัดได้ว่าสร้างสมัยอยุธยาตอนต้น

วัดมีสภาพเป็นวัดร้างในช่วงเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่ 2 และได้รับการบูรณะอีกครั้งโดยชาวมอญซึ่งอพยพมาอยู่พื้นที่นี้ในสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย ในสมัยหลวงปู่สาย (พระครูนนทการประสิทธิ์) ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส ได้บูรณะและพัฒนาวัดบางรักใหญ่อีกครั้ง

เดิมนั้นมีชื่อวัดว่า วัดโพธาราม ต่อมาเปลี่ยนชื่อไปเรียกตามชื่อชุมชนหรือตำบลที่ตั้งวัด การเปลี่ยนชื่อวัดนั้นเริ่มตั้งแต่เมื่อใดไม่มีหลักฐานแน่ชัด แต่ตามรายชื่อของวัดที่พิมพ์ไว้ในหนังสือทำเนียบคณะสงฆ์ของกระทรวงธรรมการ ร.ศ. 123 (พ.ศ. 2448) ปรากฎว่าวัดนี้มีชื่อว่า "วัดบางรักใหญ่"[1]