วัดบ้านใหม่ มีความเป็นมายาวนานตั้งแต่ครั่งสมัยพระเจ้ากรุงธนบุรีทรงมีพระบัญชาให้เจ้าพระยามหากษัตริย์ศึกและพระยาสุรสีห์ขึ้นไปตีอาณาจักรล้านช้างเวียงจันทร์เมื่อ พ.ศ. 2321 และกวาดต้อนผู้คนและทรัพย์สินต่างๆมายังเมืองสยาม และมีชาวล้านช้างกลุ่มหนึ่งได้มาตั้งรกลากที่ดินแดนแห่งนี้ร่วมกลุ่มชนดั้งเดิมที่พำนักอยู่ก่อนแล้ว พร้อมกับได้นำปูชนียวัตถุสำคัญที่ตนเคารพบูชาติดมาด้วยนั้นคือ พระเชียงแสนหน้าลาวซึ่งมีอายุประมาณ 700 กว่าปี และได้สร้างศาสนะสถานในชุมชนของตนมาตั้งแต่นั้น ภายหลังได้สร้างถาวรวัตถุหลายอย่างอาทิเช่นกุฏิวิหารและอุโบสถ โดยเฉพาะอุโบสถนั้นเป็นทรงโบราณ คือมีฝาผนังด้านหลังพระประธานด้านเดียว ที่เหลือเปิดโล่งทั้งสามด้านประชาชนสามารถมองเห็นพระสงฆ์ทำสังฆกรรมได้ (ปัจจุบันได้ถูกรื้อถอนไปแล้ว) ต่อมาในสมัยรัตนโกสินทร์ในหลวงรัชการที่1 ขึ้นครองราชพระองค์ได้ทรงฟื้นฟูพระพุทธศาสนาเป็นการเร่งด่วน ทรงมีบัญชาให้เจ้าพระยายมราชและคณะยกพลขึ้นไปหัวเมืองฝ่ายเหนือคือเมืองฝางซึ่งเมื่อก่อนเจ้าพระฝางปกครองอยู่ตอนนั้นเหลือแต่วัดร้างเป็นจำนวนมากเนื่องจากพระสงฆ์ยุคเจ้าพระฝางถูกพระเจ้ากรุงธนปราบราบคาบและจับพระทุศีลสึกหมด ทรงให้เก็บรวบรวมเอาพระพุทธรูปตามวัดร้างต่างๆทั้งหมดบรรทุกเรือล่องมาทางแม่น้ำ และให้นำขึ้นไปประดิษฐานไว้ตามวัดที่มีประชาชนให้ความอุปถัมภ์อยู่ นี้จึงเป็นที่มาของหลวงพ่ออู่ทองแห่งวัดบ้านใหม่ซึ่งเป็นพระสกุลช่างศิลปะสมัยอู่ทองหรือหลวงพ่อยืน สูง 169 ซ.ม. และหลวงพ่อพิกุลทอง รวม 2 องค์

ต่อมาสมัยหลวงพ่อดำ (พระครู่สิลธรรมวิมล)เป็นเจ้าอาวาส ได้สร้างอุโบสถหลังใหม่ขึ้น ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อ พ.ศ. 2519 มีเขตวิสุงคามสีมา กว้าง 21 เมตร ยาว 26 เมตร

• วัดบ้านใหม่ได้ถูกทอดทิ้งให้เป็นวัดร้างอยู่ช่วงระยะหนึ่งอันเนื่องจากภัยธรรมชาติโดยมีบันทึกทางประวัติศาสตร์ไว้ว่าเม่อราวๆปี พ.ศ. ๒๓๘๒ - ๒๓๘๖ ปลายรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวและต้นรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้มีชาวต่างชาติ ๒ คนคือบาทหลวงปาเลอกัวซ์ และ ดา เวนพอร์ท เดินทางมาถึงนครนายก และได้บันทึกว่า เมืองนครนายก มีพลเมืองประมาณ ๕,๐๐๐ คน ส่วนมากเป็นชาวลาวและมีชาวสยามอยู่ด้วยกัน ราษฏรประกอบอาชีพทำนาปลูกข้าวและหาของป่าส่งขายที่กรุงเทพฯ สมัยนั้นมีไข้ป่าชุกชุมมากผู้คนจึงพากันอพยพไปอยู่ที่อื่นจนเกือบกลายเป็นเมืองร้าง ต่อมาพระมหากษัตริย์ทรงทราบความเดือดร้อนของชาวนครนายกจึงโปรดให้ยกเลิกภาษี ค่านา เพื่อจูงใจให้ชาวเมืองอยู่ที่เดิมและผู้คนที่อพยพออกไปได้กลับมาอยู่ที่เดิมสร้างบ้านเรือนขึ้นมาใหม่จนกลายเป็นชุมชนใหญ่ และได้ปฏิสังขรวัดขึ้นมาใหม่ ตั้งชื่อตามชื่อหมู่บ้านว่าวัดบ้านใหม่ โดยมี พระครูดำ กนฺตสีโล เป็นผู้นำพาชาวบ้านปฏิสังขร์วัด