วัดปทุมคงคาราชวรวิหาร เป็นวัดที่มีมาตั้งแต่สมัยอาณาจักรอยุธยา พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชเมื่อครั้งแรกสร้างกรุงรัตนโกสินทร์ โปรดเกล้าฯ ให้พระยาธรรมาธิกรณ์ (บุญรอด บุณยรัตพันธ์) กับพระวิจิตรนาวี เป็นแม่กองคุมช่างและไพร่ไปกะที่สร้างพระนครใหม่ ณ ฝั่งตะวันออก โปรดเกล้าฯ ให้พระยาราชาเศรษฐี และพวกคนจีน ย้ายไปตั้งบ้านเรือนอยู่ที่สวน ตั้งแต่คลองวัดสามปลื้ม (วัดจักรวรรดิราชาวาส) ไปจนถึงคลองวัดสำเพ็ง (วัดปทุมคงคา) และเห็นว่าเป็นวัดโบราณที่ทรุดโทรมมาก สมเด็จพระบวรราชเจ้ามหาสุรสิงหนาทจึงได้โปรดเกล้า ฯ ให้ซ่อมแซมขึ้นใหม่ทั้งวัด เมื่อกรมพระราชวังบวรสุรมหาสิงหนาททรงปฏิสังขรณ์และสร้างเสร็จแล้ว พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช จึงพระราชทานนามใหม่ว่า “วัดปทุมคงคา”

จนในสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ที่วัดเริ่มทรุดโทรมอีกครั้ง พระยาสวัสดิวารีได้กราบทูลขอทำการบูรณปฏิสังขรณ์ แต่บูรณปฏิสังขรณ์ยังไม่ทันเสร็จ พระยาสวัสดิวารีก็ได้ถึงแก่อนิจกรรมเสียก่อน แต่ไม่มีผู้ใดรับบูรณปฏิสังขรณ์ต่อไปตลอดรัชกาลที่ 3 ครั้งถึงสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้พระยาพิศาลศุภผล ทำการบูรณปฏิสังขรณ์ต่อ และได้เพิ่มเติม โดยให้ช่างยกพระพุทธรูปในพระอุโบสถให้สูงขึ้น มีพระทรงเครื่องต้นอย่างกษัตริย์ ต่อชุกชีออกมา ทำเป็นรูปเทวราชถือพุ่มฉัตรดอกไม้ทอง ดอกไม้เงินด้วย 2 องค์[2]

วันที่ 17 กรกฎาคม พ.ศ. 2560 ราชกิจจานุเบกษาได้เผยแพร่ประกาศกรมศิลปากรขึ้นทะเบียนและกำหนดให้เขตที่ดินวัดปทุมคงคาราชวรวิหารเป็นเขตที่ดินโบราณสถาน