ที่ชื่อว่า วัดฉิมพลี เพราะบริเวณที่ตั้งวัดเต็มไปด้วยต้นงิ้ว ในสมัยรัชกาลที่ 3 สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาพิไชยญาติ (ทัต บุนนาค) เมื่อครั้งดำรงพระยศเป็นพระยาศรีพิพัฒนรัตนราชโกษา จางวางพระคลังสินค้า ได้จัดหาที่ดินและก่อสร้างวัด โดยใช้เวลานานถึง 8 ปี จึงแล้วเสร็จในรัชสมัยรัชกาลที่ 4 ในเวลานั้นถือเป็นวัดราษฎร์ที่ใหญ่และงดงามกว่าวัดราษฎร์โดยทั่วไป สมเด็จเจ้าพระยาฯ ท่านไปเลือกสรรและอัญเชิญพระพุทธรูปมาเป็นพระประธานจากวัดบางอ้อยช้าง จังหวัดนนทบุรี มาประดิษฐานที่วัด เป็นพระพุทธรูปปางสุโขทัย (พิเศษ)

กรมการศาสนา ได้คัดเลือกวัดประดู่ฉิมพลีให้เป็นวัดพัฒนาตัวอย่างในปี พ.ศ. 2535[1]

สำนักงานทรัพย์สินส่วนพระมหากษัตริย์ร่วมกับวัดประดู่ฉิมพลี ได้ทำการบูรณปฏิสังขรณ์วัด เริ่มตั้งแต่ พ.ศ. 2558–2563 ตั้งแต่พระอุโบสถ พระเจดีย์ทรงรามัญ และปรับปรุงภูมิทัศน์เขตพุทธาวาส