วัดประสาทบุญญาวาสสร้างเมื่อราว พ.ศ. 2376 ไม่ปรากฏนามผู้สร้าง เดิมชื่อ วัดคลองสามเสน เพราะอยู่ใกล้คลองสามเสน ต่อมาเปลี่ยนชื่อมาเป็น วัดขวิด เพราะมีต้นมะขวิดขนาดใหญ่อยู่ใกล้อุโบสถ และได้เปลี่ยนนามอีกครั้งมาเป็น "วัดประสาทบุญญาวาส" เมื่อราว พ.ศ. 2487[1]

พ.ศ. 2464 ทางวังสุโขทัยและวัดได้แลกเปลี่ยนที่ดินด้านหลังวัดซึ่งเป็นของวัด ทำให้ด้านหน้าของวัดขยายเปิดออกไปถึงถนน ต่อมา พ.ศ. 2498 เกิดเพลิงไหม้ครั้งใหญ่ สูญเสียอุโบสถและกุฏิจนเกือบยุบวัด ในเวลานั้นพระครูวิสัยโสภณ (ทิม ธมมฺธโร) เจ้าอาวาสวัดช้างให้ราษฎร์บูรณาราม ได้นิมิตไปว่าหลวงปู่ทวดให้มาช่วยบูรณะวัดนี้ เนื่องจากในสมัยกรุงศรีอยุธยา หลวงปู่ทวดมักมาปักกลดอยู่บริเวณนี้ หลังจากนิมิตนี้ท่านจึงได้นำแม่พิมพ์และส่วนผสมสำหรับสร้างพระพิมพ์หลวงปู่ทวดมามอบให้ จึงเป็นจุดเริ่มต้นของการสร้างวัตถุมงคลหลวงปู่ทวดของวัดประสาทบุญญาวาส ซึ่งสร้างรายได้ให้กับวัดเป็นอย่างมากจนสามารถนำมาสร้างอุโบสถหลังใหม่สำเร็จลงในปี พ.ศ. 2544