เดิมวัดนี้ชื่อ วัดพรหมสุรินทร์ สร้างขึ้นในปี พ.ศ. 2353 (สมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย) โดยเจ้าพระยาบดินทรเดชา (สิงห์ สิงหเสนี) ขณะมีบรรดาศักดิ์เป็นพระพรหมสุรินทร์ จึงตั้งชื่อวัดตามราชทินนามในขณะนั้น วัดได้รับการบูรณปฏิสังขรณ์โดยผู้สร้างวัดในสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว หลังจากกลับจากราชการสงครามกับญวนที่เขมร แต่ไม่ทันสำเร็จก็ถึงแก่อสัญกรรมเสียก่อน พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวจึงโปรดเกล้าฯ ให้รับไว้เป็นพระอารามหลวงและสร้างต่อจนแล้วเสร็จและพระราชทานนามใหม่ว่า วัดปรินายก เพื่อเป็นอนุสรณ์แด่เจ้าพระยาบดินทรเดชาซึ่งดำรงตำแหน่งสมุหนายก ณ ขณะนั้น คำว่า ปรินายก มาจากคำว่า ปรินายกรตน แปลว่า "ขุนพลแก้วคู่บารมีมหาจักรพรรดิราช"[1]

เมื่อมีการตัดถนนราชดำเนินเมื่อ พ.ศ. 2442 (สมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว) เส้นทางของถนนได้ตัดเข้ามาในพื้นที่ของวัดปรินายก ทำให้วัดต้องสูญเสียพื้นที่บริเวณวัดไปมาก พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวจึงโปรดเกล้าฯ ให้สถาปนาวัดปรินายกใหม่ทั้งหมด โดยสร้างพระอุโบสถใหม่และนำใบเสมาจากพระอุโบสถเดิมมาประดิษฐานรอบพระอุโบสถใหม่ แม้จะเหลือพื้นที่เป็นวัดเล็ก ๆ แต่พระองค์ก็ได้พระราชทานใบเสมาคู่ จึงทำให้วัดปรินายกยังคงมีสถานะเป็นวัดหลวงอยู่[2] วัดได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาใน พ.ศ. 2443