วัดปัญญานันทาราม ก่อตั้งจากดำริของพระพรหมมังคลาจารย์ (ปั่น ปญฺญานนฺโท) โดยมีคำปรารภในการก่อตั้งวัดไว้ว่า

สร้างพระ สร้างคน สร้างเยาวชนของชาติ สร้างศาสนทายาทให้มีชีวิตอยู่ในโลกอย่างถูกต้อง ให้มีชีวิตเรียบร้อยตามหลักคำสอนของพระพุทธศาสนา เพื่อไม่ให้ตกอยู่ในอำนาจวัตถุมากเกินไป

และได้มอบหมายให้ พระมหาสง่า สุภโร (ปัจจุบัน พระปัญญานันทมุนี) พระมหามานพ ปญฺญาวชิโร และพระมหาสมโภช ฐิติญาโณ ร่วมสนองงานก่อสร้างวัด และกิจกรรมงานเผยแผ่พระศาสนา โดยมุ่งเน้นการศึกษาอบรมปฏิบัติธรรม และเผยแผ่ธรรมตามหลักธรรมวินัย จนเป็นที่ยอมรับจากสถานศึกษา หน่วยงานราชการและ เอกชนหลายแห่ง ส่งบุคลากรเข้ารับการอบรมอย่างต่อเนื่องตลอดทั้งปี วัดปัญญานันทาราม เป็นวัดที่สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เคยเสด็จพระราชดำเนินมา 2 ครั้ง ครั้งแรก เมื่อวันที่ 16 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2538 ทรงวางศิลาฤกษ์สร้างวัดปัญญานันทาราม และทรงปลูกต้นสาละเพื่อเป็นอนุสรณ์ ณ สวนสาละ และพระราชทานนามว่า “สวนสาละสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา”

ครั้งที่ 2 เสด็จพระราชดำเนินมาทรงเป็นประธานเปิด อาคารเฉลิมพระเกียรติ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯ และทรงประกอบพิธีเททองหล่อพระประธานประจำอุโบสถวัดปัญญานันทาราม เป็นพระพุทธรูปปางมารวิชัย ขนาดหน้าตักกว้าง 72 นิ้ว เพื่อถวายเป็นพระราชกุศลแด่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯ เนื่องในวโรกาสเฉลิมพระชนมพรรษาครบ 72 พระชันษา เมื่อวันที่ 15 มิถุนายน 2541

และพระเจ้าวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้าโสมสวลี พระวรราชาทินัดดามาตุ เสด็จวัดปํญญานันทาราม เพื่อทรงเป็นองค์ประธานเปิดป้ายวัดวิถีพุทธเฉลิมพระเกียรติ 80 วัด 80 พรรษา และเข้าวัดปฏิบัติธรรมวันอาทิตย์ และทรงประทานใบประกาศเกียรติคุณ แก่วัดวิถีพุทธเฉลิมพระเกียรติ 80 วัด เมื่อวันพฤหัสบดี ที่ 5 มีนาคม 2552

นอกจากนี้ พระเจ้าหลานเธอ พระองค์เจ้าพัชรกิติยาภา พระราชนัดดา ในพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯ ได้เสด็จร่วมปฏิบัติธรรมตามโครงการพัฒนาข้าราชการฝ่ายอัยการ ร่วมกับพระสหาย ตามหลักสูตร “อัยการผู้ช่วย” รุ่นที่ 39 พ.ศ. 2549 ระหว่างวันที่ 9-11 ตุลาคม 2549

ซึ่งในหลักสูตรดังกล่าวได้กำหนดให้มีการปฏิบัติธรรม เพื่อให้ทราบหลักธรรมคำสอนในพระพุทธศาสนา เพื่อพัฒนาพฤติกรรม จิตใจ อารมณ์บนพื้นฐานของศีล สมาธิ ปัญญา

การเสด็จปฏิบัติพระภารกิจเข้ารับการฝึกปฏิบัติธรรมในครั้งนี้ ได้ทรงศึกษารับฟังธรรม ปฏิบัติธรรมและประทับค่าย ณ วัดปัญญานันทาราม ตามหลักสูตร “ค่ายคุณธรรม” ตลอดระยะเวลา 2 คือ 3 วัน ทรงศีล 8 และทรงสวมฉลองพระองค์ สีขาว กางเกงสีดำ เช่นเดียวกับพระสหาย

และเสด็จเปิดค่ายคุณธรรม เยาวชนพุทธบุตร บ้านกาญจนาภิเษก และยังเสด็จมาทรงงานโครงการกำลังใจในพระดำริ หลายครั้ง