ส่วนฐาน ประกอบด้วยฐานเขียงในผังสี่เหลี่ยมจัตุรัสรองรับฐานปัทม์ลูกแก้วอกไก่ย่อเก็จ ระหว่างชั้นฐานปัทม์ฐานเขียงมีชั้นบัวคว่ำคั่นกลาง

ส่วนกลาง เป็นเรือนธาตุทรงสี่เหลี่ยมมีจระนำประดิษฐานพระพุทธรูปทุกด้าน เรือนธาตุอยู่ในผังสี่เหลี่ยมจัตุรัสยกเก็จที่ต่อเนื่องมาจากฐานด้านล่าง มุมที่เกิดจากการยกเก็จค่อนข้างใหญ่และลึกมากกว่าการยกเก็จในศิลปะล้านนา เรือนธาตุของพระธาตุจอมกิตติมีการพัฒนาเพิ่มขึ้นในรายละเอียดของส่วนประกอบคือ บัวเชิงและบัวรัดเกล้ามีลักษณะคล้ายกับฐานปัทม์ลูกแก้วอกไก่ โดยเฉพาะบัวเชิงมีความต่อเนื่องจากฐานปัทม์ของส่วนฐาน ดูคล้ายกับเป็นฐานปัทม์สองชั้น แต่ที่จริงเป็นส่วนหนึ่งของเรือนธาตุเพราะจระนำได้เจาะลึกลงไปจนถึงหน้ากระดานบนของฐานปัทม์ด้านล่าง

ส่วนยอด เหนือเรือนธาตุประกอบด้วยชั้นหลังคาลาดที่มีแนวยกเก็จต่อเนื่องขึ้นมาจากยกเก็จของเรือนธาตุ ถัดขึ้นไปเป็นชุดฐานปัทม์สิบสองเหลี่ยมซ้อนลดหลั่งกับองค์ระฆังทรงกลม บัลลังก์กลมบัวกลุ่มกลีบยาว ปล้องไฉน และปลียอดตามลำดับ

จากลักษณะของส่วนฐาน เรือนธาตุ ชุดฐานบัวเหนือชั้นหลังคาลาดและบัวกลุ่มกลีบยาว อาจสันนิษฐานได้ว่ารูปแบบของเจดีย์วัดพระธาตุจอมกิตติในปัจจุบันคงมีการปฏิสังขรณ์ในราวพุทธศตวรรษที่ 22[6]