การดำเนินการก่อสร้าง วัดพระราม ๙ กาญจนาภิเษก เริ่มดำเนินการโดยการถมดินปรับพื้นที่โครงการก่อสร้างที่บริเวณบึงพระราม 9 แขวงห้วยขวาง เขตห้วยขวาง กรุงเทพมหานคร ตั้งแต่วันที่ 10 พฤศจิกายน พ.ศ. 2538 และเริ่มงานก่อสร้างเมื่อวันที่ 21 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2539

จากนั้น เมื่อวันจันทร์ที่ 1 กรกฎาคม พ.ศ. 2539 เวลาประมาณ 6:00 น. พระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินแทนพระองค์ไปทรงวางศิลาฤกษ์พระอุโบสถ และทรงเปิดอาคารเรียน โรงเรียนพระราม ๙ กาญจนาภิเษก