ประเพณี ทำบุญไหว้พระแท่นศิลาอาสน์มีมานานหลายชั่วอายุคนแล้ว มีผู้มาสักการบูชาทั้งในเทศกาลและนอกเทศกาลตลอดปี พุทธศาสนิกชนมีความเชื่อว่า การได้มาสักการบูชาพระแท่นศิลาอาสน์ จะได้รับอานิสงส์สูงสุด และเช่นเดียวกับพระพุทธบาทสระบุรี พุทธศาสนิกชนผู้มีความศรัทธา จะขวนขวายมานมัสการให้ได้ครั้งหนึ่งในชีวิต ด้วยเหตุนี้ ผู้ที่อยู่ในพื้นที่ตอนเหนือจังหวัดอุตรดิตถ์ จะพยายามเดินทางมานมัสการ พระแท่นศิลาอาสน์ แม้ว่าหนทางจะทุรกันดารเพียงใดก็ไม่ย่อท้อถอย และเห็นว่า เป็นการได้สร้างบุญกุศลที่มีค่าควร การมานมัสการจะกระทำทุกครั้งที่เป็นวันสำคัญทางพระพุทธศาสนา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในวันมาฆบูชา ณ วันเพ็ญ เดือนสาม

งานเทศกาลนมัสการพระแท่นศิลาอาสน์ ณ วันเพ็ญ เดือนสาม อันเป็นวันมาฆบูชา จะเริ่มตั้งแต่ วันขึ้น 8 ค่ำ ถึง วันขึ้น 15 ค่ำ เดือนสาม บรรดาพระภิกษุสงฆ์จะธุดงค์มาปักกลดพักแรมที่บริเวณใกล้วัด เมื่อถึงวันมาฆบูชา เวลาประมาณ 19.30 น. พระภิกษุสงฆ์จะเข้าไปในพระวิหาร แล้วสวดพระพุทธมนต์ มีพระธรรมจักรกัปปวัตตนสูตร เป็นต้น เมื่อเสร็จพิธีแล้ว ก็ออกมาให้ศีลให้พรแก่ผู้ที่มานมัสการพระแท่นศิลาอาสน์ ในตอนเช้าของทุกวันในระหว่างเทศกาล บรรดาพระสงฆ์ที่ธุดงค์มานมัสการ พระแท่นศิลาอาสน์ จะเดินทางเข้าไปบิณฑบาตตามหมู่บ้าน และบรรดาชาวบ้านจะนำอาหารมาถวายที่วัดอีกเป็นจำนวนมาก เมื่อพระฉันอาหารเสร็จแล้ว ชาวบ้านก็จะแบ่งปันอาหารร่วมรับประทานด้วยกัน รวมทั้งผู้ที่เดินทางมานมัสการพระแท่นศิลาอาสน์ด้วย นับว่าเป็นการทำบุญกลางแจ้งที่ยิ่งใหญ่เป็นประจำทุกปี

เนื่องจากวัดพระนอนพุทธไสยาสน์ และวัดพระยืนพุทธบาทยุคล มีอาณาบริเวณอยู่ติดต่อกัน จึงจัดงานประจำปีพร้อมกันกับวัดพระแท่นศิลาอาสน์ เป็นเวลา 8 วัน 8 คืน ทำให้พุทธศาสนิกชนที่มาในงานเทศกาลนี้ได้ นมัสการพระบรมธาตุ และพระพุทธบาทด้วย เป็นการได้นมัสการพระพุทธเจดียสถาน อันเป็นที่เคารพสักการะ ได้ครบถ้วนในโอกาสเดียวกัน ยากจะหาที่ใดเสมอเหมือน