วัดมกุฏกษัตริยารามราชวรวิหาร สร้างขึ้นตามพระราชดำริของพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว หลังจากขุดคลองผดุงกรุงเกษมเป็นคูพระนครชั้นนอกแล้วทรงพระกรุณาโปรดเกล้า ฯ ให้มีวัดเรียงรายอยู่ตามชายคลองเหมือนที่กรุงศรีอยุธยา จึงโปรดเกล้าฯ ให้สร้างวัดขึ้นเคียงคู่กับวัดโสมนัสราชวรวิหาร ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ (ช่วง บุนนาค) เป็นแม่กองก่อสร้าง และพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมขุนราชสีหวิกรม เป็นนายช่าง การก่อสร้างแล้วเสร็จใน พ.ศ. 2411 ในขั้นแรกโปรดเกล้าฯ ให้เรียกชื่อว่าวัดนามบัญญัติ เป็นการชั่วคราวก่อน เมื่อสิ้นรัชกาลจึงค่อยเรียกนามพระราชทานว่าวัดมกุฏกษัตริยาราม อันเป็นนามตามพระปรมาภิไธย

วัดมกุฏกษัตริยารามในเขตพระนคร และวัดโสมนัสวิหารที่อยู่ในเขตป้อมปราบศัตรูพ่าย เป็นวัดในเขตกรุงรัตนโกสินทร์ ที่มีเสมา 2 ชั้น ชั้นแรกเรียกว่า มหาสีมา อยู่ในซุ้มที่มุมกำแพงรอบวัด และยังมีเสมารอบพระอุโบสถอีกเรียกว่า ขัณฑสีมา ในวัดที่มีเสมา 2 ชั้นเช่นนี้ พระสงฆ์สามารถประชุมทำสังฆกรรมได้ทั้งพระอุโบสถและพระวิหาร