วัดมหาบุศย์สร้างประมาณ พ.ศ. 2305 ก่อนเสียกรุงแก่พม่า 5 ปี เดิมชื่อว่า วัดสามบุตร กล่าวคือ บุตรชายสามคนพี่น้องได้ร่วมกันสร้างวัดนี้ สันนิษฐานว่าเสนาสนะในยุคนั้นคงเป็นไม้เสียส่วนใหญ่ ทำให้วัสดุไม่คงทนจนกลายเป็นวัดร้างในที่สุด ต่อมาพระมหาบุตร เปรียญ 5 ประโยค สำนักวัดเลียบได้มาเยี่ยมญาติโยมละแวกคลองพระโขนง ชาวบ้านจึงพร้อมใจกันนิมนต์ให้ท่านอยู่วัดสามบุตรเพื่อช่วยเป็นผู้นำในการบูรณะวัด เมื่อสร้างและบูรณปฏิสังขรณ์จึงได้ขนานนามวัดใหม่ว่า วัดมหาบุตร ตามนามท่าน ภายหลังชื่อได้เปลี่ยนมาเป็น "วัดมหาบุศย์" ประชาชนทั่วไปยังขนานนามวัดนี้ว่า วัดแม่นาคพระโขนง ตามอิทธิพลของวรรณกรรมเรื่อง แม่นากพระโขนง

วัดมหาบุศย์ได้รับการบูรณะสังฆเสนาสนะประมาณปี พ.ศ. 2455 ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา เมื่อวันที่ 18 เมษายน พ.ศ. 2459 มีเขตวิสุงคามสีมากว้าง 2 เส้น ยาว 2 เส้น 7 วา จนปี พ.ศ. 2470 ได้มีการรื้อถอนอุโบสถเก่าออกแล้วสร้างใหม่ เป็นอุโบสถกว้าง 20 เมตร ยาว 23 เมตร หน้าบันสลักเป็นลายกระหนกไทยรูปพระอินทร์ทรงช้างเอราวัณ หลังคาสองชั้นลด ถึงปี พ.ศ. 2500 ได้ทำการบูรณะอุโบสถนี้ใหม่โดยเปลี่ยนกระเบื้องเป็นกระเบื้องเคลือบสี เปลี่ยนช่อฟ้าใบระกาหงส์และหน้าบันใหม่ทั้งหมด จอมพล ป. พิบูลสงคราม นายกรัฐมนตรีในขณะนั้นมาเป็นประธานพิธียกช่อฟ้า[1]