วัดมหาพฤฒารามเป็นวัดโบราณที่สร้างมาตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยายังเป็นราชธานี ตั้งอยู่ทางฝั่งตะวันออกของคลองผดุงกรุงเกษม แต่เดิมในช่วงสมัยกรุงธนบุรีและรัตนโกสินทร์ตอนต้น วัดนี้แต่เดิมชื่อว่า "วัดท่าเกวียน" เนื่องจากเคยเป็นที่พักแรมของกองเกวียน ที่เดินทางเข้ามาค้าขายในกรุงเทพฯ แต่ต่อมาชาวบ้านก็พากันเรียกชื่อวัดนี้ว่า "วัดตะเคียน" สันนิษฐานว่า เรียกชื่อวัดตามต้นตะเคียนที่ขึ้นหนาแน่นอยู่รอบบริเวณวัดที่มีอาณาบริเวณถึง 14 ไร่

ต่อมาในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พระองค์เคยอยู่ในเพศบรรพชิตได้เสด็จมาพระราชทานผ้าป่าที่วัดนี้ ในคราวนั้น พระอธิการแก้วเจ้าอาวาสได้ทูลถวายพยากรณ์ว่า "จะได้เป็นเจ้าชีวิตในเร็วๆนี้" พระองค์จึงมีรับสั่งว่า "ถ้าได้ครองแผ่นดินจริงจะมาสร้างวัดให้อยู่ใหม่" หลังจากนั้นหลังจากเสด็จขึ้นครองราชย์จึงโปรดเกล้าฯให้สถาปนาวัดขึ้นใหม่ ในเวลาต่อมาจึงโปรดให้พระราชทานสมณะศักดิ์ พระอธิการแก้วเป็น "พระมหาพฤฒาจารย์" และโปรดให้สร้างพระอารามใหม่ ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2397 จนถึง พ.ศ. 2409 โดยโปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาพิชัยญาติ (ทัต บุนนาค) เป็นแม่กองในการสถาปนา ต่อมาเมื่อทำการก่อสร้างแล้วเสร็จ จึงโปรดฯ ให้สถาปนาขึ้นในพระอารามหลวง พระราชทานนามว่า "วัดมหาพฤฒาราม"