สำเภายานนาวา มีความยาววัดจากหงอนข้างบนถึงท้ายบาหลี มีห้องขนาดเล็ก 21 วา 2 ศอก ความยาวส่วนล่างวัดที่พื้นดิน 18 วา 1 ศอกเศษ ความกว้างตอนกลางลำเรือ 4 วา 3 ศอก ความสูงตอนกลางลำเรือ 2 วา 3 ศอก

นอกจากนี้ยังมีพระเจดีย์องค์ใหญ่และเล็กอยู่ในลำสำเภารวม 2 องค์ ที่ห้องบาหลีมีรูปหล่อของพระเวสสันดรกับพระกัญหาบริเวณท้ายเรือชาลีประดิษฐานอยู่ อันเนื่องมาจากเนื้อความในมหาชาติคำหลวง ที่พระเวสสันดรโน้มน้าวใจพระโอรสธิดาให้อุทิศตนร่วมกับพระบิดาสร้างมหากุศล เสมือนเรือสำเภาใหญ่พามนุษยชาติข้ามโอฆสงสารไปสู่พระนิพพาน

ด้านหลังบานประตูในพระอุโบสถ (ซึ่งสร้างในสมัยรัชกาลที่ 1) มีภาพจิตรกรรมสำคัญที่รัชกาลที่ 3 โปรดเกล้าฯ ให้วาดขึ้น คือรูปกระทงใหญ่ ตามแบบที่ทำในพระราชพิธีลอยพระประทีป และโถยาคูตามแบบอย่างที่ทำเลี้ยงพระในพระราชพิธีสารทในรัชสมัยของพระองค์

สมเด็จพระมหาธีราจารย์ (ประสิทธิ์ เขมงฺกโร ป.ธ.3) เป็นเจ้าอาวาส