เดิมชื่อ วัดวังน้ำวน เพราะวัดตั้งอยู่ติดคลองน้ำ 2 สาย คือ คลองบางกอกใหญ่ คลองบางน้ำชน และ คลองท่าพระ มักเกิดน้ำหมุนเวียนเป็นวังวน เป็นวัดโบราณสร้างในสมัยกรุงศรีอยุธยาตอนปลาย มีชาวมอญอพยพโดยทางเรือจากกาญจนบุรีมาอาศัยอยู่ริมคลองบางกอกใหญ่ มีนายกองชาติรามัญ (มอญ) เป็นประธานสร้างวัดอยู่ใกล้กัน 3 วัด ตามตำบล วัดนี้ตั้งอยู่ทางเหนือน้ำไหลจึงเรียกว่า วัดบางยี่เรือเหนือ (วัดราชคฤห์) วัดบางยี่เรือกลาง (วัดจันทารามวรวิหาร) วัดบางยี่เรือใต้ (วัดอินทาราม) แต่ชาวบ้านเรียกกันติดปากว่า วัดมอญ สันนิษฐานว่าคนมอญช่วยกันสร้างและพระมอญอยู่จำพรรษาประจำอยู่วัดนี้มาก จึงเรียกชื่อว่าวัดมอญ

ในสมัยรัชกาลที่ 1 ทรงมีพระกระแสรับสั่งให้ เจ้าพระยาพระคลัง (หน) ไปบูรณะปฏิสังขรณ์วัดอีกครั้งหนึ่ง แล้วทรงสถาปนาขึ้นเป็นวัดพระอารามหลวงชื่อว่า วัดราชคฤห์ ชนิดวรวิหาร ต่อมาในสมัยรัชกาลที่ 3 สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระยาเดชาดิศร ได้บูรณปฏิสังขรณ์วัดขึ้นใหม่ เช่นสร้างพระอุโบสถหลังใหม่ขึ้น ส่วนพระอุโบสถหลังเก่าใช้เป็นวิหารใหญ่ ได้บูรณสังขรณ์ภูเขามอซึ่งบรรจุพระบรมธาตุกับสร้างมณฑปขึ้นบนยอดเขามอซึ่งเป็นลาน พุทธศาสนิกชนได้มากราบนมัสการพระบรมธาตุที่บรรจุไว้