วัดศาลากุลน่าจะเป็นวัดที่สร้างมาตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยาตอนปลาย แต่เดิมมีชุมชนที่มีประชากรไม่มากนัก เนื่องจากพื้นที่เป็นชายตลิ่งที่เป็นที่ดินงอก สัญจรไม่สะดวก เมื่อเริ่มสร้างวัดคงอยู่ไม่ห่างจากแม่น้ำมากนักและมีคลองวัดศาลากุลเป็นทางเชื่อมแม่น้ำเจ้าพระยา ต่อมาที่ดินงอกออกไปมาก ทำให้วัดอยู่ห่างจากแม่น้ำเจ้าพระยามาก

วัดถูกปล่อยทิ้งร้างตั้งแต่ครั้งเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่ 2 จนกระทั่งประมาณสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย มีเรือสำเภามาจอดที่ปากด่านเพื่อรอรับสินค้า เช่น ครั่ง ข้าว ไม้ฝาง ฯลฯ เพื่อนำไปขายต่างประเทศ จนเจ้าพระยารัตนาธิเบศร์ (กุน) สมุหนายกที่ได้รับราชการตั้งแต่ครั้งสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช มาจนถึงสมัยรัชกาลที่ 2 ตัวท่านเป็นคนจีน ได้มาสร้างศาลาให้บริวารพักบริเวณใกล้วัด ชาวบ้านเรียกศาลานี้ว่า ศาลาเจ้าคุณกุน หรือ ศาลาจีนกุน[1] รวมทั้งเป็นชื่อเดิมของเกาะเกร็ดด้วย เมื่อการค้าสำเภายกเลิกไป บริเวณนี้จึงสงบเงียบจึงได้กลายมาเป็นวัด วัดนี้ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาในปี พ.ศ. 2394[2]