วัดสระลงเรือ สันนิษฐานว่าสร้างขึ้นในสมัยอยุธยาตอนกลาง คือ น่าจะมีอายุประมาณ 350 - 400 ปี หรือมากกว่านั้นเล็กน้อย ไม่ปรากฏหลักฐานเป็นลายลักษณ์อักษรใด ๆ เกี่ยวกับวัด ดังนั้น จึงไม่ทราบชื่อเดิมของวัด ปี และบุคคลที่ก่อสร้าง หลักฐานที่หลงเหลืออยู่ก็ได้แก่ โบราณวัตถุต่าง ๆ อันประกอบด้วย พระเจดีย์และพระปรางค์แบบก่ออิฐถือปูน สูงประมาณ 10 เมตร อย่างละ 1 องค์ ตั้งอยู่คู่กัน พระเจดีย์ด้านทิศใต้และพระปรางค์ด้านทิศเหนือ ด้านหน้าของพระเจดีย์และพระปรางค์ เดิมมีอาคารแบบก่ออิฐถือปูนขนาดประมาณ 6 X 12 เมตร อยู่ในสภาพเกือบสมบูรณ์ (ยกเว้นหลังคาที่คงเสื่อมสภาพและอันตรธานไปตามกาลเวลา) อาคารนี้เข้าใจว่าน่าจะเป็นพระวิหารและน่าจะเป็นประธานวัตถุของวัด โดยหันหน้าไปทางทิศตะวันออก และภายในอาคารเป็นที่ประดิษฐานของพระพุทธรูปปูนปั้น ปางมารวิชัย และด้านหน้าของอาคารเยื้องไปทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือเล็กน้อยเป็นที่ตั้งของสระน้ำรูปทรงสี่เหลี่ยมจัตุรัส ขนาดประมาณ 60 X 60 เมตร

อนึ่ง เป็นที่น่าเสียดายว่าเมื่อประมาณปี 2534 - 35 ทางวัดได้รื้อตัวอาคารโบราณดังกล่าวเสีย นัยว่าเพื่อจะสร้างพระอุโบสถหลังใหม่ ดังนั้น โบราณวัตถุที่เหลือให้คนรุ่นหลังได้เห็นจึงมีเพียงพระเจดีย์ พระปรางค์ และพระประธาน

องค์ประกอบของสิ่งก่อสร้างโบราณดังกล่าวเป็นลักษณะของวัดในสมัยอยุธยาตอนกลางโดยทั่วไป กล่าวคือ ประการแรก มีการผสมผสานระหว่างองค์ประกอบทางสถาปัตยกรรมแบบสุโขทัย (อันได้แก่ เจดีย์) เข้ากับองค์ประกอบทางสถาปัตยกรรมของเขมร (ได้แก่ พระปรางค์และสระน้ำ) ประการที่สอง พิจารณาจากขนาดของพระปรางค์และเจดีย์ของวัด ซึ่งมีขนาดเล็ก ก็เชื่อว่าประธานวัตถุของวัดน่าจะอยู่ที่อาคารพระวิหารเสียมากกว่า ซึ่งเป็นลักษณะของวัดในสมัยอยุธยาตอนกลาง เพราะวัดสมัยอยุธยาตอนต้นมักยึดถือพระปรางค์แบบเขมรเป็นประธาน

ที่ตั้งของวัดอยู่บนที่ดอนสูง ซึ่งพาดยาวมาจากทิศตะวันตกและตะวันตกเฉียงเหนือ แล้วล้อมรอบด้วยที่ราบลุ่มต่ำ ซึ่งในตอนหลังได้ใช้เป็นที่ทำนาของชาวบ้าน บริเวณใกล้เคียงก็เป็นที่ดอนและที่ราบลุ่มต่ำสลับกันไปเป็นระยะ ๆ และทางทิศตะวันออกของวัดเป็นลำห้วย ซึ่งในช่วงน้ำหลากจะมีน้ำไหลลงลำน้ำจรเข้สามพัน กอรปกับวัดและชุมชนแห่งนี้ห่างจากเมืองโบราณอู่ทองเพียงประมาณ 12 - 13 กิโลเมตรเท่านั้น บริเวณนี้จึงเหมาะที่จะตั้งเป็นชุมชน และด้วยเหตุนี้ บริเวณนี้จึงมีชุมชนตั้งมาแต่โบราณ อย่าน้อยตั้งแต่สมัยในสมัยอยุธยา ดังเห็นได้จากหลักฐานประเภทเครื่องมือ เครื่องใช้ และเครื่องประดับสมัยโบราณที่เมื่อประมาณ 30 - 50 ปีก่อนหน้านี้ชาวบ้านได้พบเสมอ ๆ เวลาไถไร่ไถนาของตนในบริเวณรอบ ๆ วัด และห่างจากวัดไปทางด้านตะวันออกเฉียงเหนือประมาณ 1 - 2 กิโลเมตร เคยมีซากเจดีย์และอาคารก่อด้วยอิฐอย่างน้อยอีก 2 จุด ซึ่งตอนหลังได้ถูกชาวบ้านรื้อถอนและไถกลบไป

สันนิษฐานว่า เช่นเดียวกับวัดและชุมชนร่วมสมัยในพื้นที่ใกล้เคียง วัดและชุมชนเหล่านี้คงจะสูญหายไปในคราวที่พม่ายกทัพเข้าตีกรุงศรีอยุธยา เพราะพื้นที่จังหวัดกาญจนบุรีเป็นเส้นทางเดินทัพของพม่าก่อนที่จะเคลื่อนทัพผ่านจังหวัดสุพรรณบุรีไปยังพระนครศรีอยุธยา ประชาชนที่อยู่ในพื้นที่คงจะหลบหนีการรุกรานของกองทัพพม่า และกระจัดกระจายหรือเคลื่อนย้ายไปอยู่ในที่อื่น วัดสระลงเรือจึงถูกทิ้งร้างไป

วัดสระลงเรือน่าจะถูกทิ้งร้างไปประมาณ 150 ปี จนกระทั่งเมื่อประมาณปี พ.ศ. 2470 ชาวบ้านจากถิ่นใกล้เคียงได้อพยพเข้ามาทำไร่นาและหาของป่าในบริเวณดังกล่าว ได้มาพบซากโบราณวัตถุ ชาวบ้านเห็นที่ตั้งของวัดมีความเหมาะสมที่จะเป็นชุมชน โดยเฉพาะการมีสระน้ำ จึงได้เข้ามาตั้งชุมชนบริเวณนี้อีกครั้ง และได้ช่วยกันหักร้างถางพงบริเวณซากโบราณสถานดังกล่าว เล่ากันว่าในตอนนั้น ตัวอาคารมีต้นไม้ปกคลุมหนาทึบ และต่อมาก็ได้ช่วยกันสร้างวัด นิมนต์พระมาจำพรรษา รวมทั้งได้มีการทำหลังคาใหม่ให้กับพระอุโบสถ และได้ตั้งชื่อวัดขึ้นว่า"วัดสระลองเรือ"เพราะสมัยนั้นบริเวณนี้มีต้นไม้ขนาดอยู่มากจึงมีคนมาตัดต้นไม้ขุดเรือแล้วนำไปทดลองในสระน้ำชาวบ้านจึงเรียกว่าสระลองเรือ แต่ด้วยสำเนียงการพูดที่เหน่อและห้วนสั้นทำให้เพี้ยนเป็น "สระลงเรือ"อย่างในปัจจุบัน

สำหรับพระประธานปูนปั้นนั้น สันนิษฐานว่าน่าจะจำลองแบบมาจากพระมงคลบพิตร อันเป็นพระพุทธรูปสำคัญในสมัยอยุธยาตอนกลาง ซึ่งนักประวัติศาสตร์เชื่อว่าสมเด็จพระไชยราชาธิราชโปรดให้สร้างขึ้นบริเวณสนามหน้าจักรวรรดิ (ด้านใต้ของพระบรมหาราชวัง)กล่าวคือ เป็นพระพุทธรูปปางมารวิชัย ทำด้วยปูนปั้น (องค์จริงมีการลงรักปิดทองทับไว้อีกทีหนึ่ง) มีลักษณะการผสมรูปแบบพระพุทธรูปอู่ทองและสุโขทัยเข้าด้วยกัน เดิมพระประธานวัดสระลงเรือเป็นปูนปั้นแบบปกติ ต่อมาเมื่อประมาณ 20 ปีที่แล้ว ในช่วงที่มีการรื้อพระอุโบสถโบราณ ได้มีการเคลื่อนย้ายพระพุทธรูป และได้เกิดอุบัติเหตุขึ้น โดยเศียรพระพุทธรูปได้หักหลุดออกมา ต่อมาเมื่อได้มีการบูรณะซ่อมแซมองค์พระพุทธรูป จึงได้ทาสีพระพุทธรูป ดังกล่าวเป็นสีดำและถวายชื่อพระพุทธรูปดังกล่าวว่าหลวงพ่อใหญ่องค์ดำ (พระพุทธอนันตภูมิสุคคุตโต)

และเมื่อ 20 กว่าปีที่ผ่านมา นายจำเนียร ใคร่ครวญ ซึ่งเป็นชาวบ้านสระลงเรือโดยกำเนิดแต่ได้ไปทำธุรกิจในต่างถิ่น ได้เข้ามากราบขอพรจากหลวงพ่อใหญ่องค์ดำ (พระพุทธอนันตภูมิสุคคุตโต) ซึ่งในปัจจุบันประทับอยู่ในวิหารแก้ว หน้าพระอุโบสถวัดสระลงเรือ หลังจากนั้นชีวิตของนายจำเนียร ใคร่ครวญ ก็ได้ประสบความสำเร็จตามที่ได้ตั้งใจไว้ทุกประการ ต่อมานายจำเนียร ใคร่ครวญจึงได้สร้างพระอุโบสถและเรือสุพรรณหงส์ขึ้นภายในวัด (บริเวณสระน้ำโบราณที่ได้รับการขยายให้กว้างขึ้นกว่าเก่าหลายเท่าตัว) โดยให้เหตุผลว่า ตนได้รับพรจากหลวงพ่อใหญ่องค์ดำ (พระพุทธอันตภูมสุคคุตโต) จึงตั้งใจสร้างพระอุโบสถและเรือสุพรรณหงส์ลำนี้ขึ้น เพื่อเป็นอนุสรณ์และทดแทนบุญคุณหลวงพ่อใหญ่องค์ดำ (พระพุทธอนันตภูมิสุคคุตโต) ที่ประทานมาให้แก่ตัวของนายจำเนียร ใคร่ครวญ และครอบครัว