มีตำนานเล่าสืบกันมาว่า เมื่อพระพุทธเจ้าเสด็จมาที่ดอยสะแล่งแก้วดอนมูล หรือดอยสะแล่งหลวง เจ้าเมืองและชาวบ้าน ต่างพากันไปถวายบิณฑบาตแก่พระพุทธเจ้า และพระสงฆ์สาวก เมื่อพระพุทธเจ้าเสวยพระกระยาหารแล้ว ชายาเจ้าเมืองได้ถวายดอกสะแล่งดอกไม้ป่าชนิดหนึ่ง มีดอกสีขาวนวลเป็นพุทธบูชา พระพุทธเจ้าทรงรับและอนุโมทนา แล้วทรงมีพุทธฎีกาพยากรณ์ว่า ในอนาคตกาล สถานที่แห่งนี้จะเป็นที่ประดิษฐานพระธาตุของพระองค์ และสถานที่แห่งนี้จะมีความเจริญรุ่งเรืองสืบต่อไป จากการที่ชายาเจ้าเมืองถวายดอกสะแล่งเป็นพุทธบูชา และดอยแห่งนี้มีต้นสะแล่งอยู่ วัดนี้จึงมีชื่อว่า วัดสะแล่งประวัติความเป็นมา

เมื่อครั้งพระนางจามเทวีได้เสด็จมาครองเมืองหริภุญชัย ขบวนเสด็จได้ผ่านเมืองกุกกุฏไก่เอิก(อำเภอลอง อำเภอวังชิ้น และบางส่วนของอำเภอเด่นชัยในปัจจุบัน) ได้ประดิษฐานพระบรมสารีริกธาตุไว้ ต่อมาได้มีการบูรณะปรับปรุง เปลี่ยนแปลงวัดมาหลายยุคสมัย จนกระทั่งในปี พ.ศ. 2506 พระครูวิจิตรนวการโกศล (ครูบาสมจิต จิตฺตคุตโต) พร้อมด้วยพระครูสีลสังวราภิรัต (ครูบามิ่ง จิตฺตสํวโร) ขณะยังนั้นเป็นสามเณรมิ่ง เต็มใจ ได้เข้ามาบูรณปฏิสังขรณ์ ในวันที่ 30 กันยายน พ.ศ. 2527 ได้รับประกาศให้วัดสะแล่งพ้นจากวัดร้างให้เป็นวัดที่มีพระสงฆ์ วัดสะแล่งได้แบ่งเขตวัดเป็นเขตพุทธาวาสเก่าและเขตพุทธาวาสใหม่ ซึ่งมีโบราณสถาน โบราณวัตถุ ศิลปวัตถุ อยู่เป็นจำนวนมาก ปัจจุบันจึงได้จัดตั้งเป็นพิพิธภัณฑ์วัดสะแล่ง" ขึ้นมาทางด้านหลังของวัดมีเรือนรับรองอาคันตุกะ บ่อน้ำพุร้อน สถานที่อาบน้ำแร่ ลานกีฬา ไว้สำหรับบริการ ประชาชนทั่วไป นอกจากนี้ ทางเนินเขาด้านหลังวัด (ดอยโป่งมื่น) ยังมีพระพุทธรูปองค์ใหญ่ สวนสมุนไพร และเสนาสนะต่าง ๆ อยู่เป็นจำนวนมาก วัดสะแล่งจึงเป็นทั้งพุทธสถานและแหล่งเรียนรู้ที่สำคัญยิ่งของจังหวัดแพร่