วัดสามัคคีอุปถัมภ์ ก่อตั้งขึ้นโดย หลวงปู่ทองพูล สิริกาโม ซึ่งหลวงปู่ทองพูล สิริกาโมได้เดินทางมาในปี พ.ศ. 2502 ครั้งแรกยังเป็นแค่ภูเขาและป่ารกทึบ อยู่ทางทิศตะวันตกของตัวอำเภอเมืองบึงกาฬ จังหวัดบึงกาฬ โดยชาวบ้านเรียกภูเขาแห่งนี้ว่า ภูกระแต เนื่องจากมีสัตว์ป่าหายากจำพวกกระรอก กระแต แมวเสือ รวมถึงสัตว์ป่าอื่นๆ อีกมากมาย ที่อาศัยอยู่ชุกชุมตามสภาพที่เป็นป่าดงทึบ รกครึ้มแห่งนี้[1]ชาวบ้านในแถบนั้นเคยตกเป็นเครื่องมือของพวกคอมมิวนิสต์ ทั้งนี้บริเวณที่ตั้งวัดนั้น เคยเป็นสถานที่ตั้งของพวกคอมมิวนิสต์ ที่ได้เข้ายึดบริเวณนั้นไว้ก่อนที่จะมีการสร้างวัดขึ้น ทั้งยังเป็นสถานที่ตั้งมันและศูนย์บัญชาการ ก่อนที่จะมีการอพยพฐานที่มั่นไปรวมกันที่บ้านนาบัว ตำบลเรณูนคร(ในขณะนั้น) อำเภอธาตุพนม จังหวัดนครพนม[2]เมื่อปี พ.ศ. 2500[3]

และในปี พ.ศ. 2502 ชาวบ้านในบริเวณนั้นได้ทราบข่าวว่าจะมีพระธุดงค์มายังสถานที่แห่งนี้จึงเตรียมการต้อนรับ คณะพระธุดงค์ที่จะเดินทางมายังสถานที่แห่งนี้ คือ คณะธุดงค์ของหลวงปู่ทองพูล สิริกาโม พร้อมกับพระธุดงค์อีกจำนวนหนึ่ง ซึ่งเป็นพระวัดป่าสายพระอาจารย์มั่น ภูริทัตตะเถระ ชาวบ้านในละแวกนั้นจึงได้มีการเตรียมกุฎิเพิงพักชั่วคราวไว้ต้อนรับพระธุดงค์ที่จะเดินทางมาถึง เมื่อหลวงปู่ทองพูล สิริกาโม ได้เดินทางมาถึงภูกระแต ท่านได้ทำการสำรวจบริเวณภูกระแต เพื่อดูความเหมาะสมในการที่จะจัดตั้งวัดป่าขึ้น โดยบริเวณป่าภูกระแตนั้น มีอากาศที่เย็นสบายทั้งปีเพราะเนื่องจากบริเวณภูกระแตนั้นเป็นภูเขา และมีต้นไม้หนาทึบ ทั้งยังมีสัตว์ป่าตัวเล็กตัวน้อยได้อาศัยอยู่ ณ บริเวณนั้นมากมาย และยังเป็นสถานที่ที่เงียบสงบร่มรื่นอีกด้วย

หลวงปู่ทองพูล สิริกาโมจึงเลือกสถานที่แห่งนี้เป็นที่ตั้งวัด ทั้งยังเหมาะกับพระสายพระอาจารย์มั่น ภูริทัตตะเถระ ที่ต้องการอยู่อย่างสงบ ปราศจากสิ่งรบกวนจากภายนอก และเหมาะกับการทำกิจวัตรประจำวันของพระสายวัดป่ามากที่สุด[4]