วัดหนองป่าพง มีความแตกต่างจากวัดอื่นคือ มีการกำหนดข้อกติกาสงฆ์ ซึ่งเลือกสรรมาจากธรรมและวินัยของพระโคตมพุทธเจ้า โดยมิได้เพิกถอนหรือบัญญัติสิ่งใดเพิ่มเติม เพียงแต่นำธรรมและวินัยมาประกอบกันขึ้นเป็นกฎกติกา เพื่อควบคุมความประพฤติของภิกษุสามเณร ไม่ให้ออกจากแนวทางของพระพุทธองค์[4]

สาเหตุของการที่หลวงปู่ชาได้กำหนดข้อกติกาสงฆ์นี้ขึ้น สืบเนื่องมาจากการเพิ่มจำนวนขึ้นอย่างต่อเนื่องของวัดสาขาและจำนวนภิกษุสามเณร ในปี พ.ศ. 2500 หลวงปู่จึงกำหนดข้อกติกาสงฆ์ขึ้น เพื่อใช้เป็นรากฐานของข้อวัตรปฏิบัติในวัดหนองป่าพงและสาขา ซึ่งถือว่ากติกานี้ คือตัวแทนส่วนหนึ่งของหลวงพ่อในปัจจุบัน[6]

เมื่อมีภิกษุสามเณรหรือสำนักสาขาใด ประพฤติออกนอกแนวทางพระธรรมวินัย ข้อวัตรปฏิบัติและกติกาสงฆ์นี้ จะมีการประชุมคณะสงฆ์ เพื่อพิจารณาสืบสวนหาเหตุในการกระทำนั้น หากกระทำด้วยความรู้เท่าไม่ถึงการณ์ หรือไม่รุนแรง คณะสงฆ์จะตักเตือนให้แก้ไขปรับปรุงความประพฤติ แต่หากเป็นการล่วงละเมิดพระธรรมวินัยและกติกาด้วยความตั้งใจและประพฤติอยู่เป็นประจำ จะถูกเชิญออกจากหมู่คณะ ถ้าเป็นสำนักสาขาก็ตัดออกจากการเป็นสาขาของวัดหนองป่าพง

วัดหนองป่าพงและสำนักสาขา ได้กำหนดกติกาสงฆ์ไว้ดังนี้[4]

1. พระเณรห้ามขอของแต่คนใช่ญาติใช่ปวารณา และห้ามติดต่อกับคฤหัสถ์ และนักบวชอันเป็นวิสภาคกับพุทธศาสนา
2. ห้ามบอกและเรียนติรัจฉานวิชา บอกเลข ทำน้ำมนต์ หมอยา หมอดู ทำและแจกจ่ายวัตถุมงคลต่าง ๆฯ
3. พระผู้มีพรรษาหย่อน 5 ห้ามไม่ให้เที่ยวไปแต่ลำพังตัวเอง เว้นแต่มีเหตุจำเป็นหรือมีอาจารย์ผู้สมควรติดตามไปด้วย
4. เมื่อจะทำอะไรให้ปรึกษาสงฆ์ หรือ ผู้เป็นประธานในสงฆ์เสียก่อน เมื่อเห็นว่าเป็นธรรม เป็นวินัย และจึงทำอย่าทำตามอำนาจตัวเองฯ
5. ให้ยินดีในเสนาสนะที่สงฆ์จัดให้ และให้ทำความสะอาดเก็บกวาดกุฏิ ถนนเข้าออกให้สะอาด
6. เมื่อกิจของสงฆ์เกิดขึ้นให้พร้อมกันทำ เมื่อเลิกให้พร้อมกันเลิก อย่าทำตนให้เป็นที่รังเกียจของหมู่คณะ คือ เป็นผู้มายาสาไถย หลีกเลี่ยง แก้ตัว
7. เมื่อฉันบิณฑบาต เก็บบาตร ล้างบาตร กวาดวัด ตักน้ำ สรงน้ำ จัดโรงฉัน ย้อมผ้า ฟังเทศน์เหล่านี้ ห้ามมิให้คุยกันพึงตั้งใจทำกิจนั้นจริงๆ
8. เมื่อฉันเสร็จแล้ว ให้พร้อมกันเก็บกวาดโรงฉันให้เรียบร้อยเสียก่อน แล้วจึงกราบพระพร้อมกัน และ นำบริขารของตนกลับกุฏิโดยสงบฯ
9. ให้ทำตนเป็นผู้มักน้อยในการพูด กิน นอน ร่าเริง จงเป็นผู้ตื่นอยู่ด้วยความเพียร และจงช่วยกันพยาบาล ภิกษุ สามเณร อาพาธด้วยความเมตตาฯ
10. ห้ามรับเงินและทอง และห้ามผู้อื่นเก็บไว้เพื่อตน ห้ามซื้อขายแลกเปลี่ยนฯ
11. เมื่อเอกลาภเกิดขึ้นในสงฆ์หมู่นี้ ให้เก็บไว้เป็นกองกลาง เมื่อท่านองค์ใดต้องการ ให้สงฆ์อนุมัติแก่ท่าน องค์นั้น โดยสมควร
12. ห้ามคุยกันเป็นกลุ่มก้อนทั้งกลางวันและกลางคืนในที่ทั่วไป หรือในกุฏิ เว้นแต่มีเหตุจำเป็นถึงกระนั้นก็อย่าเป็นผู้คลุกคลีและเอิกเกริกเฮฮา ห้ามสูบบุหรี่ กินหมากฯ
13. การรับและส่งจดหมาย เอกสาร หรือวัตถุต่างๆ ภายนอกห้องแจ้งต่อสงฆ์ หรือผู้เป็นประธานสงฆ์รับทราบทุกคราวไป เมื่อสงฆ์หรือผู้เป็นประธานสงฆ์เห็นสมควรแล้ว จึงรับส่งได้ฯ
14. พระเณรที่มุ่งเข้ามาปฏิบัติในสำนักนี้ เบื้องต้นต้องได้รับใบฝากจากอุปัชฌาย์อาจารย์ของตน และย้ายสุทธิมาให้ถูกต้องเสียก่อนจึงจะใช้ได้ฯ
15. พระเณรที่เป็นอาคันตุกะมาพักอาศัย ต้องนำสุทธิแจ้งสงฆ์ หรือผู้เป็นประธานสงฆ์ในคืนแรก และมีกำหนดให้พักได้ไม่เกิน 3 คืน เว้นแต่มีเหตุจำเป็นฯ

นอกจากการกำหนดกติกาสงฆ์ข้างต้นแล้ว หลวงปู่ยังได้กำหนดให้ วัตร 14 เป็นระเบียบวิธีการปฏิบัติต่างๆภายในวัดหนองป่าพงและสำนักสาขา[4] ซึ่ง วัตร 14 (ขันธวัตร 14) นั้นก็คือ วัตตขันธกะ ขันธกะที่ ๘ แห่งคัมภีร์จุลวรรค วินัยปิฎก[7][8] รวมทั้งยังได้กำหนด ธุดงควัตร 13 ซึ่งเป็นข้อปฏิบัติอันบุคคลทำได้ยาก ให้ภิกษุสงฆ์วัดหนองป่าพงและสำนักสาขาได้ปฏิบัติตามความสมัครใจอีกด้วย[2] โดยที่ขันธวัตร 14 และ ธุดงควัตร 13 นั้นถือเป็นปฏิปทาที่พระธุดงค์กรรมฐานหรือพระป่าสายหลวงปู่มั่น ภูริทตฺโต ยึดถือปฏิบัติ[9] ตามแนวปฏิปทาของหลวงปู่มั่น ซึ่งเป็นอาจารย์ใหญ่สายกรรมฐานและเป็นพระอาจารย์องค์สำคัญของหลวงปู่ชา สุภทฺโท

หลวงปู่ชาเคยกล่าวเกี่ยวกับข้อวัตรปฏิบัติไว้ในการบรรยายธรรมอบรมภิกษุสามเณรที่วัดหนองป่าพงความว่า
"ข้อวัตรปฏิบัติ กฎกติกาที่ตั้งไว้ คือทางแห่งมรรคผลนิพพาน
ถ้าใครไปฝ่าฝืนข้อกติกานั้นแล้ว ก็ไม่ใช่พระ
ไม่ใช่คนที่ตั้งใจมาปฏิบัติ เขาจะไม่ได้พบเห็นอะไรเลย
ถึงแม้จะอยู่กับผมทุกคืนทุกวันก็ไม่เห็นผม
จะอยู่กับพระพุทธเจ้าก็ไม่ได้เห็นพระพุทธเจ้า"[2][10]